中国科学院上海有机化学研究所（简称上海有机所），创建于1950年6月，是中国科学院首批成立的15个研究所之一，前身是建立于1928年7月的前中央研究院化学研究所。1998年上海有机所首批进入中国科学院知识创新工程。

上海有机所从此以多学科交叉为特色，以有机化学基础研究和应用基础研究为主导，围绕人口与健康、资源与环境、新材料三大领域，重点突出健康和生命、环境和生态系统、资源利用与开发、新材料、能源开发应用和国家安全等领域中相关的基本有机化学课题等六大研究方向。

截至2013年底，上海有机所有职工813人，在学研究生479人，其中博士生233人，硕士生246人，在站博士后22人；截至2014年3月，该所拥有10个科研生产部门。