福建省疾病预防控制中心成立于2003年7月，由福建省卫生防疫站、福建省结核病防治所、福建省健康教育所和福建省皮肤病防治院中性病麻风病社会防治科室合并组建而成福建省疾病预防控制中心，同时增挂福建省健康教育促进中心和福建省卫生检验检测中心两面牌子。2005年4月被确定为副厅级单位。总部位于福州市鼓楼区津泰路76号，占地面积约3.2万平方米。

中心设有卫生部定点的艾滋病确认中心实验室、保健食品功能学评价实验室、脊髓灰质炎监测实验室、化妆品卫生安全性检测实验室和农业部认定的卫生杀虫剂毒理学试验实验室，是商务部2004年首批确定的食品安全定点检测机构，有省科技厅批准的省重点公共实验室中心啮齿类动物实验室、实验动物质量检测室。是福建医科大学的教学基地，博士、硕士研究生教学点，是福建省公共卫生执业医师考试基地。