中国水产科学研究院长江水产研究所是我国最早规划的水产科学重点研究机构之一，于1958年在南京成立，起初命名为中华人民共和国水产部长江水产研究所， 1965年9月由南京迁至湖北省沙市市(现为荆州市)，1970年、1978年、1982年先后更名为湖北省长江水产研究所、国家水产总局长江水产研究所、中国水产科学研究院长江水产研究所沙市分所，1984年后定名为中国水产科学研究院长江水产研究所。 所内科研主体由农业部淡水生物多样性保护与利用重点开放实验室、中国水产科学院淡水生态与健康养殖两个重点开放实验室组成，主要开展水产种质资源保存与遗传育种、濒危水生动物保护、渔业资源调查评估与水域生态环境监测保护、水产养殖基础生物学与养殖技术、鱼类营养与病害防治、水产品质量标准与检测、池塘生态工程等领域的应用基础和应用技术研究。