学校始建于1960年，时名“芜湖市中医学校”;1999年，经安徽省人民政府批准，学校更名为“安徽省中医药学校”，2001年，学校独立升格并于次年经教育部批准，在全国同类院校率先更名为“安徽中医药高等专科学校”，2010年，成功创建了“安徽省示范性高等职业院校”。