厦门市环境监测中心站始建于1978年7月11日， 是从事环境监测的公益性科技事业单位，隶属于厦门市环境保护局;2003年，中国环境监测总站在我站设立中国环境监测总站台湾海峡近岸海域监测分站。

厦门市环境监测中心站的主要职能是对全市环境质量包括水和废水、降水、海水、空气、废气、土壤、沉积物、生物群、固体废物、机动车尾气、声学及振动、燃料、光学与辐射等环境要素进行监测;定期向同级环境保护主管部门和上级监测站呈报本市环境质量现状;为污染源的监督管理与执法提供监测数据;开展社会服务性监测;建立辖区内应急监测网，为辖区内污染事故处理和污染纠纷仲裁提供监测数据;开展环境监测科研工作，进行环境测试新技术、新方法的研究，参加地方标准的制定和其他环境科学研究。