牡丹江市疾病预防控制中心成立于2002年，现有职工136人，其中专业技术人员118人。疾控中心座落于江南开发区，占地面积18900平方米，建筑面积6616平方米，其中实验室面积3300平方米，主要承担牡丹江五县(市)四区传染病、慢性非传染性疾病、医疗机构感染性疾病、职业性疾病的防控任务;突发公共卫生事件应急处置;健康危害因素监测;食物中毒预防与控制;实验室检验检测技术保障;健康教育与健康促进等职责任务。

疾控中心拥有国家微量碘实验室，麻疹实验室、艾滋病确证实验室、流感监测实验室、水质检测实验室、食源性致病菌检测实验室，可进行病毒、细菌、霉菌、地方病、病媒寄生虫等各种传染性致病微生物的鉴定检验;可开展生活饮用水及各类健康相关产品卫生质量检测、理化分析检验以及室内环境质量检测。近年来，疾控中心经受住了“非典”、 沙兰山洪、水栉霉污染、甲型H1N1流感等多次突发公共卫生事件的考验，有效控制疫情，保护了全市人民身体健康。十年来，先后被上级部门授予全国医药卫生系统先进集体、全国艾滋病防治工作先进集体、全国巾帼文明岗，省级文明单位、省防治非典先进集体标兵、省疾病预防控制工作先进集体、市级先进党委、市三八红旗先进集体等多项荣誉。