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中国科学院昆明植物研究所前身是静生生物调查所和云南省教育厅于1938年7月合作成立的云南农林植物研究所。1950年4月转属中国科学院，更名为中国科学院植物分类研究所昆明工作站。1953年3月更名为中国科学院植物研究所昆明工作站。1959年4月，经国家科委批准，正式成立中国科学院昆明植物研究所。研究所将植物分类与生物地理、植物化学与天然产物研发、野生种质资源保藏与利用、民族植物学与区域发展、资源植物研发与产业化这五个方面为重点研究领域。据2015年10月研究所官网显示，该所共有在职职工539人，包括研究员及正高级工程技术人员66人、副研究员及高级工程技术人员110人;研究系统设置“三室一库”，研究所占地面积5318亩，建有昆明和丽江两个园区。