1949年10月1日，中华人民共和国宣告成立，人民空军的战机首次编队飞过天安门广场上空，空军总医院的神圣使命由此诞生。1950年5月，空军决定在北京建立空军医院。1954年7月，番号确定为“中国人民解放军空军总医院”。

那是一个百废待兴的时代。一批批政治、军事、医务干部和优秀大学毕业生，从新中国的四面八方汇集到北京，参加医院的创业工作。