中华人民共和国云南出入境检验检疫局成立于1999年8月，是中华人民共和国国家质量监督检验检疫总局设在云南省并实施垂直管理的直属机构。主要职能是：根据《中华人民共和国进出口商品检验法》、《中华人民共和国进出境动植物检疫法》、《中华人民共和国国境卫生检疫法》、《中华人民共和国食品安全法》、《中华人民共和国认证认可条例》等有关法律法规的规定，对云南出入境人员、动植物及其产品、进出口商品、交通运输工具等实施检验检疫和监督管理，对认证活动实施监督管理。

云南出入境检验检疫局设在云南省昆明市，内设17个职能处室，下设检验检疫技术中心、云南国际旅行卫生保健中心、机关服务中心等3个直属事业单位。在全省各边境口岸及主要进出口货物集散地设有昆明车站办事处、香格里拉办事处、昆明出口加工区办事处等3个直属办事处以及德宏、瑞丽、腾冲、普洱、西双版纳、勐腊、河口、红河、文山、临沧、大理、昆明机场、江城、丽江、怒江出入境检验检疫局等15个分支局及其所属的26个办事处。全省形成了以昆明为中心，辐射管理沿边各主要口岸、通道的出入境检验检疫工作网络。