学校创办于1938年，前身是国立云南大学农学院，建址昆明市呈贡县，1958年独立建成昆明农林学院，迁址昆明北郊黑龙潭，1962年滇南大学、滇西大学并入昆明农林学院，1969年搬迁至大理州宾川县，1970年迁至原曲靖地区寻甸县，1971年与云南农业劳动大学合并成立云南农业大学，1980年搬回昆明北郊黑龙潭。1983年成为硕士学位授权单位，1993年列为云南省属重点大学，2003年成为博士学位授权单位，2007年设立博士后科研流动站。2008年教育部本科教学评估为优秀，2009年、2013年、2014年省委省政府依托学校教育管理资源分别创办了云南农村干部学院、云南省高原特色农业产业研究院、云南省食品安全管理学院。2013年，经科技部、教育部审核批准建设云南农业大学新农村发展研究院。