河南省科学院创建于1958年，前身为中国科学院河南分院。1962年到1978，由于受当时政治、经济多种因素的影响，多数研究所并入中科院中南分院，仅保留了地理、化学、同位素、生物等研究所(室)。1979年，经恢复、调整，重新组建为河南省科学院。经过将近60年的发展，特别是改革开放后30多年的发展，河南省科学院已成为河南省唯一的省属综合性自然科学研究机构，也是全国规模较大、综合实力较强的省级科学院之一，目前是省政府直属正厅级事业单位，也是省政府与中科院共建单位、全国科学院联盟成员单位和省院合作的依托基地。

河南省科学院系统内共有16家二级机构。公益性科研机构3家、改制科研机构9家、国有全资企业4家。