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DNA模板、困难模板以及机器对测序质量的影响

手工测序以及自动测序均属于DNA序列测定,手工测序可分为maxam-gilbert化学降解法与sanger双脱氧链终止法,事实上,目前dna序列分析的主流是自动测序。373型、377型、310型、3700和3100型等多种型号DNA测序仪均已经被美国pe abi公司生产出来了,在这几款DNA测序仪中,临床检测实验室使用最多的一种型号要属310型。


DNA模板、困难模板以及机器对测序质量的影响

1、DNA模板

(1)杂合子

和正常峰值相比,杂合子信号处只有其一半的强度大小,同时大小相等。


(2)非单克隆

特点:右边全部如同杂合子,左边非常清晰。

原因:挑克隆的时,混合了两个质粒。

方法:将克隆重新挑,将DNA重新制作。


3.jpg


(3)仪码突变

由于点突变导致在450bp的地方仪码,又由于点突变在528bp的地方恢复。


(4)模板不纯

现象:有其它颜色位于每个峰下面。

原因;测序时pcr助贷混合杂带。

方法:凝胶电泳将主带回收,将测序重新进行。


(5)点突变

若有碱基在模板上突变,那么测序图像中其它位点通常均是单一峰形,然后有重叠峰突然出现在某一位点。


2、机器影响

(1)毛细管

(2)其它


3、困难模板

(1)重复序列

(2)回文结构

(3)高GC

(4)特殊结构

(5)Ploy结构


当今世界,如果要评说哪个地方会诞生传奇,那么必定是高科技领域,从前DNA测序还作为一个前沿技术令人高山仰止,如今却成为一个生命科学常规技术,迅速地得到普及,目前为止,能够和电脑芯片运算能力增强的速度相媲美的也就只有DNA测序成本下降的速度,DNA测序的发展除了在降低成本方面得到了体现,还在高通量测序大幅度提高了工作效率方面得以表现,其铺平了DNA测序产业化的道路。


从前将致病相关基因从数万个人类基因中筛选出来犹如大海捞针。为了对这个基因究竟在何处想方设法的定位,科学家需要对同一个家族的多位患者的标本进行获取。设计高通量药物,致病或抑病基因的鉴定、疾病易感人群的筛查甚至个性化医疗由于具备了如今快速测序技术和SNPs这个强有力的工具而不再是需要向往的事。


2019-09-11 16:06:34 浏览次数:82次