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dna测序指标和技术路线

手工测序以及自动测序均属于DNA序列测定,手工测序可分为maxam-gilbert化学降解法与sanger双脱氧链终止法,事实上,目前dna序列分析的主流是自动测序。373型、377型、310型、3700和3100型等多种型号DNA测序仪均已经被美国pe abi公司生产出来了,在这几款DNA测序仪中,临床检测实验室使用最多的一种型号要属310型。


测序指标

测序深度

测序深度为对测序量进行评价的指标之一,是指测序得到的碱基总量(bp)与基因组大小的比值,测序深度与基因组覆盖度成正比。

测序的个体,如果Mate-Pair或者双末端方案被采用,当有高于50X~100X的测序深度时,都能够保证住测序错误率控制以及基因组覆盖度,才可以使后续序列更容易与jing准地组装成染色体。


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覆盖度

测序得到的碱基覆盖基因组的比例,即是测序覆盖度。对测序随机性进行反映的指标之一是测序覆盖度,能够通过Lander-Waterman Model(1988)来对测序深度与覆盖度之间的关系进行确定。如果达到5X的深度,那么就能够覆盖超过99.4%的基因组。


技术路线

对基因组DNA进行提取,之后后随机打断,所需长度的DNA片段(0.2~5Kb)通过电泳进行回收,将接头加上,进行DNA簇(Cluster)制,zui后,测序插入片段使用Mate-Pair(SOLiD)或者Paired-End(Solexa)的方法。之后Contig通过测得的序列组装而成,Scaffold再通过Paired-End的距离进一步组装,进而能够将染色体等组装成功。测序深度与覆盖度、测序质量等决定了组装效果。SOAPdenovo、Trimity、Abyss等为常用的组装。


在业内,DNA测序有着高贵的出身,其将碱基序列这一基因密码破解,融合了IT技术与基因组学,将生物信息学这一新兴学科开创和发展了出来。传统的生物学技术被以生物信息学为代表的基因技术彻底颠覆了,对生命科学未来发展潮流起到引领作用,在医疗健康、环境保护、新能源、新材料、现代农业等热门领域以它为代表的基因工程得到了广泛地应用。


在DNA测序商业化的浪潮下,完成5个以上有重大经济价值的基因或蛋白的转化应用、约500个新的功能基因的发现,10000种微生物、100种动植物基因组测序等目标在我国《生物产业发展“十二五”规划》中被提出。根据30-50万元为微生物进行“基因组完成图”测序的大致费用而言,千亿元级别为DNA测序带来的市场容量,其还只是DNA测序商业应用市场的冰山一角。


2019-09-11 16:09:23 浏览次数:67次