上海那昂达公司将亮相2017第二届全球精准医疗(中国)峰会
上海那昂达公司将亮相2017第二届全球精准医疗(中国)峰会
2017年12月1-2日,2017第二届全球精准医疗(中国)峰会将在上海隆重举行。上海那昂达公司将亮相本次展会A5展位,欢迎各位到场参观。
随着测序成本的逐年降低,极大的推动了二代测序技术在临床上的应用。而全外显子测序技术,以其较高的经济性和广泛的临床参考性成为越来越多医生和研究人员的选择。
近期,Integrated DNA Technologies(IDT)公司推出包含“新型文库构建+特殊标签接头+高效捕获探针”的全套外显子靶向测序解决方案,以一贯的高质量的产品加速助力临床诊断。
IDT xGen® 系列捕获方案简介
IDT xGen® 系列商品化和定制化捕获panel,每条探针均为IDT专利Ultramer synthesis®方式合成的120nt,5’生物素修饰DNA序列。每条探针独立合成,独立质控,均经过IDT独有的严格质控体系,包括ESI-MS质检和OD测量,保证探针的质量和panel每条探针浓度的准确。
IDT推出的针对全外显子捕获产品xGen® Exome Research Panel v1.0 包含429,826条在GMP标准下生产的探针,探针以end-to-end的方式覆盖人类基因组GRCh37/hg19版本 51Mb区域,用于捕获富集19,396个基因的外显子区。
xGen® Exome Research Panel v1.0 可以进行4小时快速杂交实验,并且客户自行核对探针区域后,可以根据自己的需求spike-in其他探针,形成特色的全外显子捕获panel。
IDT xGen® 系列捕获方案优越性
第三方平台的对比实验证实xGen® Exome Research Panel v1.0具有高效捕获效率和高均一性的特点。
• 实验设计
将12个文库样本等量混合,分别利用xGen® Exome Research Panel和市场上其他三个品牌的全外显子捕获产品进行捕获试验。捕获富集后的文库利用illumina HiSeq 2500 进行测序。每个文库取同等数据量进行对比分析。
• 更高的捕获效率
在同等测序数据量下,在IDT xGen® Exome Research Panel,可以有效覆盖>93% 以上的区域超过20X;利用Picard 工具计算出捕获效率(on-target%=on bait reads/ Aligned reads)分析显示,IDT xGen® Exome Research Panel具有的捕获效率,可以达到90%。
捕获效率的增高,意味着后期测序成本的降低。如果要达到同样的测序深度,IDT xGen® Exome Research Panel所需数据比其他品牌少2倍之多。
• GC-rich区域较好的覆盖
GC-rich区域向来是捕获测序实验的难点。但是,IDT xGen®系列捕获方案以其高质准确的探针合成,在这些区域有了不俗的表现。
如下图所示,RB1基因个外显子为GC-rich区域,4家捕获方案品牌,只有IDT xGen® Exome Research Panel 在这个区域有着较好的捕获富集。
• 更全面的代表了WGS(Whole Genome Sequencing)数据
我们对比了来自于同一文库的WGS和不同品牌的捕获方案的WES(Whole Exome Sequencing)数据,IDT xGen® Exome Research Panel的数据更好的代表了WGS的情况。并且,很明显IDT xGen®捕获方案在GC-rich区域表现出色。
IDT xGen® 特色标签接头简介
针对illumina平台因Nanowell + ExAmp (Exclusioin Amplification)技术的应用,日益凸显的Index Misassignment问题,IDT和Illumina共同开发了带有UDI(Unique Dual Index Adapter)的Y型接头。
IDT在此基础上,更是推出了含有UMI(Unique Molecular Identifier,分子标签)的xGen系列Unique Dual Index UMI Adapters(A)和Duplex Sequencing Adapter(B)两种适用于不同场景的特色接头解决方案。
IDT 新型文库构建
IDT同时积极开发文库制备流程,进一步提高文库转化效率。
关于NGS实验中必不可少文库,接头,捕获panel等精彩内容,请大家期待由IDT副总Caifu Chen博士(时间地点,主办方补充)带来的讲座。
【关于上海纳昂达】
关于“2017第二届全球精准医疗(中国)峰会”
2017第二届全球精准医疗(中国)峰会将于12月1-2日在上海龙之梦万丽酒店召开,本届论坛将围绕“汇聚创新力量,洞悉发展前沿”的主题,邀请业内专家共议行业发展趋势与动向,促进精准医疗产学研一体化发展。期待12月1-2日与您相约上海龙之梦万丽酒店,共襄精准医疗盛会!
会议联系人:
李女士 Mavis LI
+86-21-64150355-851 & 15502124800;mavisli@healife.com
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