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上海长方光学仪器有限公司

费氏弧菌发光杆菌鉴定遇到的问题

来源:内容来源于网络 浏览量:378次
【导读】1.费氏弧菌发光杆菌鉴定的方法和步骤是什么?菌种鉴定一般就只要提取基因组DNA,然后PCR扩增16srDNA上GeneBank或者Eztaxon对比即可。一般序列相似度在97%以上...

1.费氏弧菌发光杆菌鉴定的方法和步骤是什么?

菌种鉴定一般就只要提取基因组DNA,然后PCR扩增16srDNA上GeneBank或者Eztaxon对比即可。一般序列相似度在97%以上就可以认为是同种细菌(当然也有例外,DNA序列仅仅是一个参考指标)。

2.微生物的菌种鉴定可以鉴定到“株”一级吗?

如果你的菌株是自然界中分离得到,就只能鉴定到种,不能鉴定到株,因为多多少少和其他株系的细菌有区别,即便你做了一些特征的鉴定,发现和某一株细菌一模一样,你也没有理由说你的细菌就是那一株细菌,因为你不可能把所有的特征都做完,株和株之间的关系就相当于不同的人之间的关系,世界上不可能有完全相同的两个人。除非你知道你的细菌本来就是某一株细菌扩增出来的(而且要保证没有变异,否则就是一个新株),可是这样就没必要鉴定了。

3.为什么鉴定出来的菌种跟我想象的相差太大?

答:我们菌种鉴定使用PCR直接扩增的方法,即以客户提供的菌株为模版直接进行PCR扩增,中间不经过传代培养,因此不会引入新的污染,如果出现结果不一致的情况,一般有以下原因导致:

1、您提供的样品未经过三次分离纯化,含有其他杂菌;

2、您提供样品的情况确认如此。

建议您提供三次纯化的菌株重新进行鉴定。

4.为什么有时会出现PCR扩增不出的现象;

答:扩增不出的原因主要有以下几种:

1、您提供的菌种从严格意义上讲不是细菌或者真菌,或者是信息有误;

2、您提供的菌种为革兰氏阳性菌,由于细胞壁较厚,采用常规方法不能有效地破壁;

3、培养基或菌体中表达产物含有YZPCR产物的组份。对于第二种或第三种情况需要提供基因组DNA。

5.PCR扩增直接测序为什么会出现套峰的现象;

答:1、测序结果个别碱基出现N,是由细菌rDNA多态性造成,对菌种鉴定没有无影响;

2、所有测序反应均出现大面积套峰,是由于您提供的样品模版不纯造成的。

费氏弧菌发光杆菌这种情况需要重新纯化菌种。

6.PCR产物克隆测序为什么会出现结果分离的现象?

答:我们以菌种为模版直接进行PCR扩增,然后对PCR产物进行克隆测序,如果出现2种或以上的测序结果,说明您提供的模版不单一,即菌种不纯,含有其他杂菌,这种情况建议您将菌种重新进行三次以上纯化。

7.菌种鉴定可以鉴定到种吗?

答:利用rRNA的保守区域进行鉴定只是菌种鉴定的一个分子生物学指标,通过鉴定结果可以了解未知菌株和NCBI公布序列的哪个种属比较接近。如果费氏弧菌发光杆菌鉴定至种,还需要DNA杂交、基因组GC含量、生理生化指标等来综合判断。
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费氏弧菌发光杆菌


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2004-09-17 09:23:05
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