官方微信
中国仪器网资讯中心
仪器网/ 资讯中心/动物所piRNA的高精度预测算法研究获得突破

最新企业新闻

最新产品文章

热门标签

上海长方光学仪器有限公司

动物所piRNA的高精度预测算法研究获得突破

来源:内容来源于网络 浏览量:392次
【导读】第二代测序技术又称作深度测序技术,应用到RNA上统称作RNA-seq或RNA测序,它已成为基因表达和转录组分析的重要手段。第二代转录组测序数据中含有大量不编码蛋白质的ncRNA序列...

第二代测序技术又称作深度测序技术,应用到RNA上统称作RNA-seq或RNA测序,它已成为基因表达和转录组分析的重要手段。第二代转录组测序数据中含有大量不编码蛋白质的ncRNA序列,因为它们像宇宙中的暗物质一样难以识别和有重要功能,也被称为“基因组暗物质”。由于数据量巨大,保守性差,又有噪音干扰,这些“暗物质”的识别成为表观遗传学和调控网络研究的瓶颈。piRNA是数量最大的一类ncRNA,主要是通过与转座子的序列互补来控制转座子的表达,进而调控生殖和发育。由于不同物种的piRNA之间同源性很差,至今国际上还没有有效的识别方法。

中国科学院动物研究所康乐研究组的张屹等最近发表的题为Ak-merschemetopredictpiRNAandcharacterizelocustpiRNA的最新研究论文,解决了高精度预测生物体中数量最大的一类非编码RNA---piRNA的难题,论文发表在生物信息学权威期刊《生物信息学》(Bioinformatics,IF=4.926)上。

这篇文章中提出了一种基于k-mer串频率的Fisher判别式来预测piRNA的算法,精度达90%以上,超过了哈佛大学B.Doron的61%的精度。利用该方法,他们成功地鉴定出飞蝗8万多条piRNA,预测飞蝗可能存在约13万条piRNA。进一步分析发现,这些piRNA在飞蝗群居型和散居型间存在巨大差异,这可能为解释飞蝗两型生殖力差异提供了重要的线索。

这个不依赖基因组数据来鉴定非模式生物piRNA的新方法具有重要的理论意义和广泛的应用价值。目前,在线软件piRNApredictor(http://59.79.168.90/piRNA/index.php)已被国外科研机构用于猪的piRNA研究中。

piRNA预测算法的突破为其它ncRNA的预测提供了重要的启示:不保守的ncRNA是可以预测的。由于该算法理论的普遍性,该方法不仅可以预测其它物种的piRNA,还可以通过变更训练集来预测其它种类的ncRNA。而且,在线软件给出的piRNA高精度预测结果,对表观遗传学、调控网络与piRNA功能的进一步研究有重要理论意义和应用价值。


仪器网-专业分析仪器服务平台,实验室仪器设备交易网,仪器行业专业网络宣传媒体。

相关热词:

等离子清洗机,反应釜,旋转蒸发仪,高精度温湿度计,露点仪,高效液相色谱仪价格,霉菌试验箱,跌落试验台,离子色谱仪价格,噪声计,高压灭菌器,集菌仪,接地电阻测试仪型号,柱温箱,旋涡混合仪,电热套,场强仪万能材料试验机价格,洗瓶机,匀浆机,耐候试验箱,熔融指数仪,透射电子显微镜


2018-11-08 09:23:03
标签:
随时了解更多仪器资讯,求购、招标、中标信息实时更新,厂商招商信息随时看。大量、齐全、专业的仪器信息尽在仪器网(yiqi.com)。扫一扫关注仪器网官方微信,随时随地查看仪器用户采购、招标需求!

为你精选

  • 人细胞间粘附分子酶联免疫试剂盒厂家介绍

    人细胞间粘附分子酶联免疫试剂盒厂家介绍

    人细胞间粘附分子1(ICAM-1)ELISA试剂盒仅供研究使用人细胞间粘附分子1(ICAM-1)ELISA试剂盒实验目的本试剂盒用于体外定量检测血清、血浆、组织、细胞上清及相关液体...
    2019-02-28 09:23:04 专业评测
  • 大鼠激活素A(ACV-A)ELISA试剂盒操作说明

    大鼠激活素A(ACV-A)ELISA试剂盒操作说明

    大鼠激活素A(ACV-A)ELISA试剂盒英文名称:RatACV-AELISAKit实验类型:夹心法检测范围:1.25ng/mL40ng/mL最低检测限:0.1ng/mL应用范围:...
    2019-02-28 09:23:04 专业评测
  • 植物激素或影响人类健康-上海仁捷生物

    植物激素或影响人类健康-上海仁捷生物

    一碗沙拉里不仅含有维生素和矿物质,还有植物激素。近日,科学家发现人类肠道微生物和细胞可能会对这些植物激素产生反应,甚至产生相似的分子。在发表于《植物科学趋势》杂志上的文章中(论文链...
    2019-02-28 09:23:04 专业评测
  • ELISA间接法不能直接用酶标记的原因何在?

    ELISA间接法不能直接用酶标记的原因何在?

    在ELISA实验中,用间接法测定抗体,不能直接将待测抗体直接用酶标记,然后直接加底物。而要加酶标抗抗体呢?如果将酶标记到待测抗体上,相对经典的间接法更加繁琐,而且您在摸索标记条件时...
    2019-02-28 09:23:04 专业评测
  • 推荐鱼肿瘤坏死因子α(TNF-α)ELISA试剂盒厂家

    推荐鱼肿瘤坏死因子α(TNF-α)ELISA试剂盒厂家

    鱼肿瘤坏死因子α(TNF-α)ELISA试剂盒仅供研究使用鱼肿瘤坏死因子α(TNF-α)ELISA试剂盒实验目的本试剂盒用于体外定量检测血清、血浆、组织、细胞上清及相关液体样本中鱼...
    2019-02-28 09:23:04 专业评测