临床微生物学实验室接到标本后应立即进行微生物学检验。主要包括直接镜检、检测特异性抗原或病原体成分、进行分离培养和鉴定、体外药敏试验等。
（一）直接镜检
标本经涂片染色或制备湿片镜检，有些标本如尿液、脑脊液等经过离心浓缩后镜检出其初步结果对有些病人标本有诊断参考价值。直接镜检对于确定进一步检出步骤及鉴定方法也很有帮助。另外，直接镜检还可评价标本是否符合检验要求。
（二）快速诊断
快速检测病原体成分主要是指特异性抗原和核酸检测。特异性抗原检测包括免疫荧光技术、胶乳凝集试验、酶免疫技术、对流免疫电泳、化学发光免疫测定等。核酸检测包括核酸探针杂交、PCR技术。其他快速检测法还有气-液相色谱法、化学发光、生物发光测定法和基因或蛋白微型阵列芯片技术等。
（三）直接药敏试验
直接药敏试验即在分离培养病原体的同时，直接将临床标本接种于平板，用抗生素纸片作药物敏感性试验，在18～24h内可获得结果。但因其在试验时接种量难以标准化，且对混有杂菌和混合感染的标本不易明确其结果，故分离出纯培养物后应再作体外药物敏感试验。
（四）常规检验
1.分离培养：通常由正常无菌部位采取的标本接种血平板，置于空气或含5％～10％CO2的气缸中培养，大部分细菌可于24～48h生长良好。若原始培养为阴性，但据镜检结果和临床信息提示可能有病原菌存在，则应再采集大量标本，离心浓缩或溶解离心法处理，取沉淀接种营养丰富的需氧或厌氧培养基来培养。
对于存在正常菌群部位采集的标本，分离时应采用选择培养基以利于病原菌生长，也可加某些抗生素YZ污染菌的生长。对于某些感染标本中发现的细菌，如尿路感染的尿液中检出大肠埃希菌，可能是病原菌，也可能是污染菌或正常菌群，其临床意义的确定有赖于定量培养法。即取一定量的标本如液体标本用液体培养基作一系列稀释；组织标本称量后制成悬液，并稀释成l0-1，10-2，10-3等，分别取0.1ml涂布于血琼脂平板或倾注培养，35℃24h后计算每克标本所含细菌数。
2.鉴定：分离出的细菌一般应经过细菌形态、菌落特点、生化反应、血清学试验、动物接种等鉴定。目前尚有某些微量鉴定系统，其鉴定快速、简便，值得推广。如用于鉴定肠杆菌科的20E，鉴定非发酵菌的20NE及鉴定厌氧菌的20A等。
3.体外纯菌药物敏感性试验：常用方法包括YJ试验、杀菌试验、联合药敏试验和检测细菌产生的抗生素灭活酶等。
（五）报告
直接镜检要求2h报告，说明标本是否合格，发现微生物情况和特点；初步鉴定和直接药敏结果于24h或次晨报告，报告可能的病原菌和直接药敏结果；Z后鉴定和细菌药敏结果一般不超过3天，还规定除血培养外，所有送检标本必须在24h内预报。
