赛默飞极ng确修饰位点谱图库的建立与磷酸化 蛋白质组的 DIA 解析

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数据非依赖采集（Data-IndependentAcquisition,DIA）是当前Z热门的质谱采集技术之一，它以非目标的方式将质量范围分为若干窗口，依次并循环采集窗口内所有母离子的二级碎片[1,2]。DIA与SRM类似，也是基于子离子（transition）定量，相比传统蛋白质组学定量方法具有更好的选择性和更高的准确度。然而，目前DIA在翻译后修饰分析上仍有较大瓶颈。DIA依赖于DDA建立谱图库，而DDA数据在搜库鉴定时，修饰位点定位错误的概率较高，特别是磷酸化修饰发生在常见的S/T/Y上，若肽段含有2个或以上位置接近的S/T/Y，位点就容易找错。将含有错误位点信息的鉴定结果作为谱图库，就会导致翻译后修饰DIA解析结果的不可靠[3]。因此，DIA尚难用于大规模的翻译后修饰样本分析。针对修饰位点的打分算法使修饰位点的定位更加准确，ProteomeDiscoverer软件中整合的phosphoRS/ptmRS模块[4]和MaxQuant软件的算法[5]都可以实现位点可信度（SiteProbability）的计算，从而获得可靠的位点定位信息。本文基于上述软件对翻译后修饰DDA数据进行位点可信度分析，筛选具有准确位点定位的谱图建立谱图库，导入Skyline软件，进而实现可靠的翻译后修饰DIA解析。将该流程应用于磷酸化样本DIA数据分析，成功提取6401条高可信度的磷酸化肽段（Q<0.01），占谱图库肽段总数的98.4%，其中可用于准确定量的肽段（CV<20%）占86.9%，有效解决了翻译后修饰DIA定量的难题。产品关键词：OrbitrapFusion质谱仪
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