Illumina新算法或可降低NIPT的假阳性结果

发表于新英格兰医学期刊(The New England Journal of Medicine)的文章《Copy-Number Variation and False Positive Prenatal Screening Results》中，来自Illumina和Tufts医学中心的科学家得出了新的研究结论，在一个最新的测序方法的帮助下，无创产前检测(non-invasive prenatal test, NIPT)内来自母体的假阳性结果可以被更好地筛除掉。

在这个Illumina资助的工作中，研究团队 重新分析了来自于1914名孕妇的序列数据，以期更好地进行非整倍体风险评估比较的研究;这些提供数据的志愿者认为现在胎儿面临着更高的染色体异常风险。 研究团队已经开始在美国进行线粒体DNA的临床定量工作，并且已经向英国人类受孕与胚胎学管理局提出技术运用的申请。

Illumina临床实验室内所用的分析算法在近期进行了更新，包括将亚染色体检测步骤标准化以及完善了筛查亚染色体拷贝数变异的方法;使用更新后的算法，研究者发现原先11个假阳性结果中的6个可以被正确地重新归类。

相关文章的作者解释道，其中的3个在此前被认为是母体基因拷贝数变异所造成的非整倍体假阳性结果，而另外的3个则是步骤标准化后被纠正的。2015年， 一篇由华盛顿大学和费雷德哈钦森癌症中心的研究人员发表于新英格兰医学期刊的文章中提到，母体拷贝数变异会影响NIPT的检测结果，有引起假阳性结果的可 能性。其他的5个假阳性结果未被从重新分类的原因则是胎儿染色体嵌合现象。

综合来看，新的算法有效提升了检测的阳性预测值，针对21、 18、13三染色体综合症，提升程度分别为46%到63%、40%到67%、24%到50%。“重新分析数据后获得的结果表明，不完善的生物学知识和检测 技术造成了原先的假阳性结果，”团队在文章中写道，“包括胎儿胎盘的镶嵌现象以及母体拷贝数变异。”

尽管我们在不断地努力去完善NIPT技术，去克服假阳性结果，然而持续不断的争论还在进行中，使用母体血液中的胎儿DNA来检测拷贝数变异现象和亚染色体畸形的有效性和实用性一直遭受质疑。

去年在美国人类遗传学杂志上发表的一篇论文中，一个英国团队报道称，当检测所用的样本中含有超过3/5的母系拷贝时，要从小于6,000,000 bp的片段中成功地检测出微缺失、微重复会变得十分的困难。

上周，瑞士研究人员在医学遗传学杂志中发表的研究结果有利于拓宽NIPT的应用，即能够可以检测到更多罕见的亚染色体畸形。

从6400名单胎孕妇获得的数据结果后，研究团队将检测出异常的患者分类了三类，第一类有50位患者，问题是罕见的常染色体三倍体现象，第二类的53位 患者则是出现了性染色体畸形的问题，有119名的第三类则是常规的染色体三倍体症。相关文章的作者呼吁对疾病相关的复发性拷贝数变异加强关注，这类病症的 表性原因至今尚未可知。