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2001年，为配套厦门经济特区建设，着力打造厦门市优势医疗品牌学科，造福一方百姓，厦门市委市政府会同海外华侨及国际知名学者，投资兴建厦门市心血管病研究大楼(振河大楼)，成立厦门市心脏中心。2011年，厦门市心脏中心作为公立医院改革试点，相对独立，成为全国公立医院中首家人事、财务独立运作管理的医学中心。2014年，为将心脏中心进一步打造成为海峡西岸权威专科医疗机构，跻身全国先进行列，与国际接轨，市委市政府正式决定中心全面独立，选址五缘湾畔建设新院区。2015年1月，更名为厦门市心血管病医院。2016年9月，通过福建省高等医学院校非直属附属医院评审，成为厦门大学附属心血管病医院，厦门市心脏中心为第二名称。