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中国水产科学研究院担负着全国渔业重大基础、应用研究和高新技术产业开发研究的任务，在解决渔业及渔业经济建设中基础性、方向性、全局性、关键性重大科技问题，以及科技兴渔、培养高层次科研人才、开展国内外渔业科技交流与合作等方面发挥作用。据2016年11月中国水产科学研究院官网显示，中国水产科学研究院共有海区研究所3个、流域研究所3个、专业研究所2个、院部机构12个，与地方共建了5个研究机构，分布在全国的12个省、市;在职职工2931人，其中在职科技人员1881人。