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农业部环境保护科研监测所于1979年经国务院和农业部批准正式建立，直属农业部领导，1997年划归中国农业科学院，2002被科技部、财政部、中编办批准为非营利性科研机构。农业部环境保护科研监测所在重金属污染综合防控、农业废弃物资源化高效安全利用、农产品产地环境质量研究、农业环境监测与预警，转基因生物环境安全及生态农业技术研究、养殖业污染综合防控等方面开展工作。截至2015年11月，农业部环境保护科研监测所在职职工129人，其中科技人员123人;截至2016年底，农业部环境保护科研监测所共建立22个科技研究平台; 截至2017年1月，农业部环境保护科研监测所拥有学术学位授权一级学科硕士点3个、学术学位授权二级学科硕士点5个、专业学位硕士授权类别1个、专业学位硕士授权领域1个、学术学位授权一级学科博士点2个、学术学位授权二级学科博士点4个。