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浙江省舟山海洋生态环境监测站是1987年由国家环保局和浙江省人民政府批准在原舟山市环境监测站的基础上建立的，是全国环保系统目前唯一的专业海洋生态环境监测一级站。本站具有独立法人资格，行政上隶属浙江省环保厅和舟山市人民政府的领导，业务上受中国环境监测总站和浙江省环保厅指导，是具有技术监督管理职能的社会公益性事业单位。1994年国家环保局组建近岸海域环境监测网，我站任组长单位。1997年6月国家环保总局在本站挂牌“国家环保总局近岸海域环境监测网中心站”，2002年6月调整为“中国环境监测总站近岸海域环境监测中心站”。是全国近岸海域环境监测网络的技术中心、信息中心和管理中心。2002年浙江省环保局批复设立浙江省海洋生态环境科学研究所。