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1952年，南京市人民政府卫生局药品食物检验所成立。1953年，南京市人民政府卫生局药品检验所。1956年，归属江苏省卫生厅直接领导，改名为江苏省卫生厅药品检验所。1969年，江苏省卫生厅药品检验所正式撤销，仅保留7人留在江苏省革命委员会卫生局医药站内药检组，负责全省中西药品质量管理和检验，制订省内药品标准规格，其余人员下放到基层或农村。1973年，恢复江苏省卫生厅药品检验所建制，定名江苏省药品检验所。1987年，卫生部批准江苏省药品检验所为进口药品授权检验所。2001年，江苏省药品检验所成建制由江苏省卫生厅划归新成立的江苏省药品监督管理局。2004年，国家食品药品监督管理局、海关总署确定江苏省药品检验所为国家口岸药品检验所。2007年，江苏省药品检验所更名为江苏省食品药品检验所，同时增挂“江苏省食品药品检验检测中心”牌子。2013年，江苏省食品药品检验所(江苏省食品药品检验检测中心)更名为江苏省食品药品监督检验研究院，加挂“江苏省食品质量安全监控中心”牌子。承担食品、药品、保健食品、化妆品监督检验及药品进口口岸检验等有关检验工作;开展检验技术科学研究，承担药品质量标准相关技术工作;承担食品安全监控有关技术支撑工作;开展相关技术指导和服务。