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山东院创建于1949年2月，1953年9月改为济南市卫生局药品检验所，1956年6月划归山东省卫生厅，更名为山东省卫生厅药品检验所，1969年5月更名为山东省药品检验所，1999年9月划归山东省药品监督管理局，2011年8月增加餐饮食品、保健食品、化妆品检验职能，更名为山东省食品药品检验所，2013年9月将省产品质量监督检验研究院承担的食品安全检验检测职能划转省食品药品检验所，成立了食品检验中心。2014年6月山东省食品药品检验所更名为山东省食品药品检验研究院，主要职责除承担食品、药品、化妆品检验检测任务外，增加了食品、药品、化妆品技术研究工作。