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安徽省医学科学研究院的前身为安徽省医学科学研究所，成立于1959年，隶属于安徽省卫生计生委直接领导，正处级，全额拨款事业单位，独立法人，是集医学科研、教学、科技服务等功能为一体的省级公益性综合医学科研机构。2007年11月28日，经省编委批准更名为安徽省医学科学研究院;2008年1月29日经省卫生厅批准医科院内设5个专业医学研究所(中药研究所、药理毒理研究所、微生物研究所、预防医学研究所、临床医学研究所)和2个科技服务中心(安徽省实验动物质量监督检测中心、医药卫生检验检测中心)。