多肽合成常见的问题（二）

多肽是α－氨基酸以肽键连接在一起而形成的化合物，是蛋白质水解的中间产物。由两个氨基酸分子脱水缩合而成的化合物叫做二肽，同理类推还有三肽、四肽、五肽等。通常由10~100个氨基酸分子脱水缩合而成的化合物叫多肽。

常见问题

1.为什么含有Cys,Met,或Trp的多肽难合成？

答：含有Cys,Met，或Trp的多肽合成非常困难，与此同时获得高纯度的产品也非常的困难。主要是由于这些基团容易氧化，不稳定。尤其需要注意这些多肽的使用和储存，反复开启盖子的行为尽量避免。

2.为什么有些多肽的合成产率或纯度会比较低？

答：多肽合成与引子合成之间的差别比较大，很少有引子不可以合成，然而却有很多不能合成的多肽例如Val,Ile,Tyr,Phe,Trp,Leu,Gln,和Thr这些氨基酸比邻或重复时，在合成过程中，多肽链不能完全舒展溶解，降低了合成的效率。在如重复Pro,Ser-Ser，重复Asp，4个连续Gly等情形之下，具有比较低的合成效率和产物的纯度。

3.多肽是如何纯化的？

答：反相柱(如C8，C18等)，214nm通常被使用来进行多肽的纯化。含TFA的溶剂，pH2.0一般为缓冲体系。BufferA为含0.1%TFAinddH2O，BufferB为1%TFA/ACN/pH2.0。在进行纯化之前，先使用BufferA进行溶解，若溶解不理想，在使用BufferB溶解后，再使用BufferA进行稀释，如果多肽的疏水性很强，那么还必须将少量的FormicAcid或醋酸加入。使用HPLC对多肽粗产物进行分析，如果多肽的长度在15aa以下，通常会有主峰，主峰一般是全长产物。对于20aa以上的长肽，如果没有主峰，HPLC需搭配Mass来对分子量进行判定，来对哪个峰是所要合成的多肽进行确定。

4.多长的多肽为合适？

答：长度，电荷，亲疏水性等为多肽合成时必须要考虑的因素。合成粗品的纯度和产率会随着多肽长度的增加而降低，从而会增大不能合成的概率和纯化的难度。当然无法使多肽功能区的序列发生改变，然而不得不将一些辅助氨基酸增加在功能区的的上下游，类似对多肽的溶解性和亲疏水性加以改善以便顺利合成多肽。若多肽偏短，合成亦有可能出现问题，合成的多肽在后处理过程中有一定的难度是主要的问题，少于5肽的多肽，通常需要具备疏水的氨基酸，不然会增加后处理难度，少于15个氨基酸残基的多肽，它的产率和得率通常均很满意。

5.如何从多肽序列中判定多肽的溶解性？

答：（1）若Met,Phe，Trp，Leu,Val和比例很高的多很强的疏水性的氨基酸包含于多肽中，那么多肽在水性溶液中溶解很难或者基本不可能。这些氨基酸不管是纯化还是合成，均会出现问题。

（2）通常而言，疏水性氨基酸所占的比例应当低于50%，不能连续5个aa为疏水性，带电荷的氨基酸的的比例达到20%。若在多肽的N或C短对极性氨基酸进行增加，也能够使得溶解性得到改善。