Fmoc-氨基酸的侧链保护基类别

在存在NaHCO3或Na2CO3的二氧六环溶液中，通过以下反应在氨基酸中引入Fmoc―氨基酸的侧链保护基团。若Fmoc-氨基酸的侧链保护基在酸性条件下脱除，在碱性条件下稳定，则Fmoc-氨基酸的侧链保护基比较理想。

1.His

Z容易发生消旋化的氨基酸就是His，必须对其加以保护。

2.Cys

Cys的－SH的亲核性非常强，非常容易被氧化为二硫键，亦非常容易被酰化成硫醚，因此必须对其加以保护。常用的保护基可分为三类，一类，能够使用TFA脱除；二类其对于TFA稳定，能够使用(CF3CO)3T1／TFA脱除；三类其对弱酸稳定，可用Na/NH3(1)脱保护Cys(Bzl)，可用巯基试剂和磷试剂进行还原。

3.Arg

Arg的胍基的强亲核性和碱性均非常的强，必须对其加以保护。对于三个氮都加以保护为比较理想的状态，实际上对1或2个胍基氮原子进行保护，保护基包括三苯甲基、磺酰基、烷氧羰基以及硝基四类。

4.Lys

必须对Lys的ε-NH2加以保护，然而其应不同于α－NH2的保护方式。需要在完成肽链合成后再将该保护基除去。ε－NH2的保护无消旋问题，可以采用酰基保护基，其它常用的保护基有苄氧碳基和Boc.

5.Asp和Glu

一般使用TFA、TMSBr等来将Asp和Glu侧链羧基脱除，而使用t-Bu来对Asp和Glu侧链羧基进行保护。然而尽管有t-Bu保护，依然会发生侧链环化形成酰亚胺的副反应。这些年以来，如环烷醇酯、金刚烷醇酯等一些新的保护基被发展出来，它们能够使这一副反应减轻，能够使用TMSOTf(三氟甲磺酸三甲硅烷酯)除去这些保护基。

6.Ser、Thr和Tyr

一般使用t-Bu来对ser、Thr的羟基及Tyr的酚羟基进行保护，引入叔丁基麻烦不清。首先将ser制成苄氧羰基酯，然后再利用酸进行催化和异丁烯反应。能够使用苄基来保护Ser和Thr。在苄基中使用溴苄将Thr引入，使用苄醇将Ser引入。

7.Asn和Gln

在肽合成中，通常没有必要对Asn和Gln侧链的酰胺键进行保护，然而，在合成大肽的时候，Asn和Gln的α-羧基活化时可能会发生分子内脱氢反应使得氰基化合物生成，若ph环境为碱性，酰胺会由Gln的侧链环化而成，并且在DCM中不保护的Fmoc-Gln和Fmoc-Asn具有非常差的溶解度。可以使用用9-咕吨基，2，4，6-三甲氧苄基，4，4′―二甲氧二苯甲基或三苯甲基等保护来使这些问题得以避免。可以使用TFA将这些基因全部除去。