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微生物菌株鉴定构建发育树的问题

毓瑶熙    2012-06-16    微生物鉴定    浏览 356 次

对目的序列进行blast,找相似性序列,构建发育树时,如何选择参考系列?... 对目的序列进行blast,找相似性序列,构建发育树时,如何选择参考系列?

精彩问答
去听白日晚风 发布日期:2012-06-17
一般来说,按照相似性高地排列下来,选择靠前的几个属的菌。比如说你的比对结果为Z相似的菌前10个都是A这个属的,那么你的菌一般来说跑不出这个属;再往下的第二个属可以作为外属,就是说系统发育树不仅要有你的菌所在的属,还得有一个和它Z相近的另一个属。确定属之后,找到这个属的所有的菌,将他们的序列都用上来建树。Z理想的树建出来的结果是16SZ相近的菌和你的菌在一支上,并且进化距离也Z短。
全部评论
superhuman響 发布日期:2012-06-18
Blast 相似度高的前面的一些。Z好选择多些,排除同类的!
因为使用诸如MEGA或其他系列软件完成比对分析后需要删除一些相互干扰的序列,所以务必在开始阶段多选择几种序列!
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