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如何利用pymol分析受体与配体结合位点的氨基酸

闪电闪电哒哒哒    2017-02-15    氨基酸分析仪    浏览 679 次

精彩问答
石上清泉1118 发布日期:2017-02-16
Pymol 是一个结构显示和分析程序. 它是用python编写的所以叫pymol,相应的还有Jmol 等。 Pymol 的好处是做出来的图很炫。很多牛人用它做图发文章,蛋白质结构预测里面现在Z牛的Baker,他们2005年Science的文章中那些漂亮的图可都是Pymol做出来的。 再者Pymol是开源的(1.0之前的版本现在还是开源的,1.0版以后可以申请教师用的免费版,现在版本是1.0),Python也是开源的。以后大家可以对Pymol进行扩展,打造自己的三维结构显示软件。 Pymol可以精确定量你的操作,并放在一个文件中(或者是记录这时的状态)。 下次你用Pymol再打开这个文件时,你做的图就会重新出现,你所做的一切都保留下来了,不用重新在做一遍。 不会出现这次做出的图比上次少转了3-5度这样的事。Pymol还可以对pdb文件进行编辑,修改,它选择原子、分子、残基等也非常方便! 还有很多好处比如从虚拟氨基酸突变,到ray方法产生真正的三维立体阴影图。
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