水处理工程中，那些原核微生物可以作为水质分析指示生物。

小口钟虫在生活污水和工业废水处理很好时往往就是优势菌种。
如果大量鞭毛虫出现，而着生的缘毛目很少时，表明净化作用较差。
大量的自由游泳的纤毛虫出现，指示净化作用不太好，出水浊度上升。
如出现主要有柄纤毛虫，如钟虫、累枝虫、盖虫、轮虫、寡毛类时，则水质澄清
良好，出水清澈透明，酚类去除率在90%以上。
根足虫的大量出现，往往是污泥中毒的表现。
如在生活污水处理中，累枝虫的大量出现，则是污泥膨胀、解絮的征兆。
而在印染废水中，累枝虫则作为污泥正常或改善的指示生物。
在石油废水处理中钟虫出现是理想的效果。
过量的轮虫出现，则是污泥要膨胀的预兆。
另在一些对原生动物不宜生长的污泥中，主要看菌胶团的大小用数量来判断处理
效果。
变形虫（阿米巴）amoeba. 顾名思义，变形虫是能变形的。不过这种变形也是有
限度的。 一些种类的变形虫 能向四外伸出假足，以探查水中的化学成分，决定移动
方向。而有些种类根本没有假足。 他们猎食时覆盖它的猎物， 把猎物裹起来，这样
就产生了一个食物泡， 食物泡可以消化吸收猎物。 大多数变形虫对人体无害，但有
几种变形虫能产生人类疾病：阿米巴痢疾，主要发生在贫穷国家。 变形虫食性广，
单细胞藻类，细菌，小原生动物，真菌，有机碎片等皆是它们的食物. 变形虫生命力强，
在条件不好时，可以形成一个包囊(休眠体)度过难关.。