一般实验室纯水机反渗透膜的清洗方法大致分为：直流冲洗、反向冲洗、化学冲洗等。直流冲洗，简单的来说就是通过快速水流将附着在反渗透膜表面上的杂质颗粒冲洗掉，一般是针对在反渗透膜表面上比较容易冲洗掉的杂质。对于一些附着在反渗透膜内部结构中的杂质颗粒是没有太大的效果，这是需要进行反向冲洗。
反向冲洗是采用渗透膜内部向外部的一个反向水流进行清洗，这个一般纯水机都带有此功能。如果用户的用水量在10升/天以内，可以冲洗3-5次，超过10升，则多冲洗几次。对于有些地方的原水水质硬度过大，会结有水垢，和一些比较顽固的污染物可采用化学冲洗的方法。
化学冲洗，是需要在清洗液中加入化学物质了，一般是在清洗的水中加入低浓度的盐酸进行冲洗。如果长时间不使用或者水垢较多时，可以进行短期的浸泡。但对于细菌等微生物，可以适当的加入低浓度的烧碱或者合适浓度的盐酸，清洗或浸泡。（若两者都需要加放，建议先碱洗，再用酸洗）。
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