一般来说，导致气相色谱仪基线波动和基线漂移的原因如下：
1、气体污染：包括气相色谱仪空气泵油污进入气体管路、气泵的过滤器（硅胶）过潮或被污染、气瓶气体不纯。
2、流量不稳：由于气泵或气瓶、进样隔垫泄露、进样口未旋紧、色谱柱密封口密封差、色谱仪气体流量控制系统故障等。
3、色谱系统污染：包括气相色谱仪进样口污染（包括进样隔垫吹扫气不足、衬管污染、柱头口污染）、色谱柱污染（尝试老化）、检测器污染（检测器及喷嘴降温后拆卸泡甲醇超声后，纯化水超声半小时）。
4、色谱柱固定线流失：柱箱温度是不是超过了色谱柱Z高耐受温度，或样品中含有大量的强氧化性强酸性或强碱性的物质，甚至大量的气态水进入不耐水的色谱柱等等，都会引起色谱柱固定相流失，流失的硅胶会在检测器上显示出信号，形成波动。
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