在现代水产养殖中,水产养殖系统的水质直接影响鱼类的健康和生产。微生物在去除有机物和氮循环、有毒硫化氢(H2S)的产生方面发挥着至关重要的作用,但是如果微生物对鱼类致病或发挥益生菌特性,则会直接影响鱼类的健康。
近日,法国Stilla公司和挪威SINTEF Ocean合作在《Journal of Microbiological Methods》杂志上发表了一篇名为“Absolute quantification of priority bacteria in aquaculture using digital PCR”的文章,旨在对水产养殖的相关优势细菌进行检测。
在本文中,作者主要分析了与鲑鱼生产相关的三种不同的细菌:
一种为鱼类病原体,与鱼类的溃疡性疾病有关的Moritella viscosa,会引起肠性红嘴病的Yersinia ruckeri以及与鱼类的细菌性冷水病有关的Flavobacterium psychrophilum。
二种为可以从海产品转移到消费者身上的人类病原体,Listeria monocytogenes。
三种为通过破坏饲养环境威胁鱼类健康的细菌。通常硫酸盐还原细菌(SRB)在厌氧条件下通过将硫酸盐(SO42-)转化为有毒的硫化氢(H2S)来影响鱼类健康。可通过以Desulfovibrio desulfuricans为参考菌株进行SRB检测。
研究学者利用naica®微滴芯片数字PCR系统的单重和多重检测方式对上述优势菌种进行JD定量。结果表明Moritella viscosa, Yersinia ruckeri,Flavobacterium psychrophilum检出限在20 fg左右,Listeria monocytogenes和Desulfovibrio desulfuricans DNA检测含量可低至2 fg,同时它们都具有较高的线性动态范围(图1)。多重cdPCR检测结果与在相应的单重分析中检测到的目标基因浓度非常吻合(图2,图3)。此次试验充分证明了naica®微滴芯片数字PCR系统可以同时精确定量复杂水质样品中多种优势菌株。
▲图1 :naica®微滴芯片数字PCR系统定量5种
优势菌种的线性回归图,分别给出相应的方程和回归系数
▲图2:对Yersinia ruckeri(A)Flavobacterium psychrophilum(B)的单、双重分析结果进行比较。
在MMC-DNA背景(1 ng/μl)中添加Yersinia ruckeri ,Flavobacterium psychrophilum gDNA,10倍稀释后进行基因拷贝数定量。
▲图3 :在1 ng/μl MMC-DNA背景下,单重(圆形)和三重(三角形)测定的靶基因拷贝浓度绘制。
恒等线表示每个点的X坐标和y坐标相等的位置。
文章基于naica®微滴芯片数字PCR系统完成对多种优势菌株的定量检测。
naica®微滴芯片数字PCR系统
法国Stilla Technologies公司的naica®微滴芯片数字PCR系统在进行核酸检测时具有独特的优势。该系统利用cutting-edge微流体创新型芯片—Sapphire芯片(或高通量Opal芯片)作为数字PCR过程的耗材。样品通过毛细通道网格以30,000个微滴的形式进入2D芯片中。3色荧光检测仪器,整个流程只需要两个半小时,并可进行数据的质控和结果追溯分析,获得的数据真实可靠。
naica®六通道微滴芯片数字PCR系统
法国Stilla Technologies公司naica®六通道微滴芯片数字PCR系统,源于Crystal微滴芯片数字PCR技术,自动化微滴生成和扩增,每个样本孔可实现6荧光通道的检测,智能化识别微滴并进行质控,3小时内即可获得至少6个靶标基因的JD拷贝数浓度。
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