检测工作流程是LIMS核心内容，通过检测工作管理可加强协同工作能力、进一步强化质量控制环节、提高数据报出速度，提高工作效率、减低数据出错率，保证质量记录的完整、监控规范的执行。
一般来说，LIMS检测工作过程分为五个阶段：
收到样品后登录；
以及样本和分析工作量的分配、调度和跟踪；
质量控制与样品的生命周期管理，包括样品入库、分样、留样、清样、样品条码，样品在线拍照、增加质控样、平行样、考核样、加标回收样等；
检测数据输入以及仪器设备相关的数据存储；
检查、批准和汇编数据，检查数据经过审核后，系统自动生成检验报告，审核无误后批准发放。
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