分析型超速离心（AUC）文献快报-12月刊

Cyclization studies of Japanese encephalitis virus non-coding RNA terminal regions

乙型脑炎病毒非编码RNA末端区域的环化研究

发表日期：February 2, 2022

DOI：https://doi.org/10.1101/2022.02.01.478553

摘要：许多黄病毒如登革热病毒和西尼罗河病毒在其 5' 和 3' 末端区域 (TRs) 进行必要的远程相互作用，由保守的互补环化序列介导。然而，我们缺乏对日本脑炎病毒 (JEV) 的这种远程相互作用的深入了解。在这里，我们使用了涉及计算和生物物理工具的广泛、多方面的方法。我们进行了多角度光散射 (SEC-MALS) 来确定 JEV TR 的绝 对分子量，它们的复合物得出结论它们形成 1:1 复合物，并使用分析超速离心 (AUC) 证实了这种相互作用。微型热泳 (MST) 实验表明，JEV 的 5' 和 3' TR 与 nM 亲和力相互作用，在没有保守环化序列的情况下显着降低。据我们所知，这是第 一项代表应用三种关键生物物理方法（AUC、MST 和 SEC-MALS）研究 RNA-RNA 相互作用的研究。此外，我们进行了计算动力学分析，证实了我们的 MST 研究表明环化序列在 RNA-RNA 相互作用中的重要作用。这种生物学关键事件的结合亲和力是一个重要的药理学特征，可以影响治 疗的潜在竞争性抑 制。这一证据还可以影响旨在抑 制保守黄病毒环化的药物干预，从而中断黄病毒家族的复制。

仪器型号：Optima AUC  紫外(UV)检测系统

从沉降速率-分析超速离心获得的 JEV 5' TR 和 3'TR 的沉降分布图

实验条件：

1. JEV 5' TR 和 3' TR 的 AUC 沉降速度数据是使用 Beckman Optima AUC 离心机和 AN50-Ti 转子在 20°C 下收集的。

2.  将 JEV 5'TR（214 nM，0.5 OD @260 nm）、JEV 3'TR（224 nM，0.5 OD @260 nm）和 JEV 5'TR 和 3'TR 样品的 1:1 混合物加载到 2 通道Epon树脂中心件。

3. 以每分钟 25,000 转的速度离心样本，并以 20 秒的间隔收集扫描结果。

4. 使用 UltraScan-III 软件包通过内部超级计算机计算分析所有数据。我们使用二维频谱分析 (2DSA) 分析 SV-AUC 数据，同时去除时变噪声、弯液面和底部位置，然后进行增强的 van Holde-Weischet 分析。我们用 UltraScan 估计了缓冲液密度和粘度校正（分别为 1.0269g/cm3 和 1.293 cP）。所有流体动力学参数均在 20°C 和水条件下校正为标准条件。

REFERENCE

Tyler Mrozowich, Sean M. Park, Maria Waldl, Amy Henrickson, Corey R. Nelson, Borries Demeler, Ivo L. Hofacker, Michael T. Wolfinger, Trushar R. Patel Cyclization studies of Japanese encephalitis virus non-coding RNA terminal regions.bioRxiv 2022.02.01.478553

Competitive inhibition of the classical complement pathway using exogenous single-chain C1q recognition proteins

利用外源性单链C1q识别蛋白竞争性抑 制经典补体通路

发表日期：January 12, 2022

DOI:  doi.org/10.1016/j.jbc.2022.102113

摘要：补体亚基C1q是一种先天免疫系统的蛋白复合体，具有特征良好的免疫结合特性，是构成经典补体通路的重要部分。最 近的研究发现不管是健康的还是神经退行性疾病的大脑中，C1q在中 枢神经中具有突触消除的作用。然而,c1q相关的突触吞噬分子机制还不清楚。在这里，我们设计了单体和多聚体的蛋白质结构，包括球形头部的小鼠C1q的识别部位(C1q球状部分[gC1q]) 而缺乏胶原样结构的尾部的一条的单链分子(sc-gC1q蛋白)。这些在大肠杆菌表达系统中表达的分子能竞争性抑 制C1q的功能，我们通过质谱、分析型尺寸排阻色谱，分析型超速离心机，CD光谱，和ELISA等技术对其结构和结合已知补体通路激活物的能力进行表征。我们进一步使用SPR技术分析了这些分子和免疫球蛋白、神经元之间的相互作用。最 终，我们发现sc-gC1qs能够特异性的抑 制C1q的活性。此外，sc-gC1qs与C1q相互竞争结合在胚胎神经元细胞膜上。我们通过sc-gC1qs的体内实验揭示了C1q在神经元的定位和功能方面的作用，具有潜在的抑 制剂治 疗的用途。

目的：用于表征sc-gC1q蛋白的均一性和聚集状态。

仪器型号：Optima XL-1

sc-gC1q(蓝绿色)、sc-gC1q2(紫色)和sc-gC1q3(粉色) 在分析型超速离心实验中沉降系数的分布情况。计算得到的sc-gC1q分子质量为49.9±0.4 kDa与由氨基酸序列计算的理论分子量47,811 Da有很好的一致性。sc-gC1q2 分子质量为94.9 ± 0.6 kDa,大部分为二聚体形式，只有少部分以单体存在。sc-gC1q3分子质量51.1±0.5 kDa，也基本以单体存在。

实验条件：

1. 对蛋白样品进行透析，缓冲液为50mm磷酸钠，200mm NaCl，测量前的pH值为7.5。

2. 25 ℃下3000 rpm (700g) 离心20 min稳定温度，之后45,000 rpm (156,000g)离心，237 nm吸收光检测，步进0.003 cm，间隔10 min。

3. SEDNTERP计算溶液粘度和密度，SEDFIT拟合结果。

REFERENCE

Laue, T., Shah, B., Ridgeway, T., and Pelletier, S. (1992). In Computer aided Interpretation of Sedimentation Data for Proteins, Royal Society of Chemistry, Cambridge, U.K

Brown, P. H., and Schuck, P. (2006) Macromolecular size-and-shape distributions by sedimentation velocity analytical ultracentrifugation. Biophys. J. 90, 4651–4661

Amphiphilic Diblock Copolymers Bearing Poly(Ethylene Glycol) Block: Hydrodynamic Properties in Organic Solvents and Water Micellar Dispersions, Effect of Hydrophobic Block Chemistry on Dispersion Stability and Cytotoxicity

含聚(乙二醇)嵌段的两亲二嵌段共聚物:有机溶剂和水胶束分散体系中的水动力学性质，疏水嵌段化学对分散稳定性和细胞毒性的影响

发表日期：16 October 2022

DOI:https:// doi.org/10.3390/polym14204361

摘要：

尽管两亲性嵌段共聚物已经通过各种方法在普通溶剂和水分散体系中进行了详细的研究，但它们的流体动力学描述仍不完整。在这篇论文中，作者提出了一个详细关于六种二嵌段共聚物流体动力学研究的方法，采用动态光散射，粘度法，分析型超速离心法研究了嵌段共聚物在四氢呋喃有机溶剂和水胶束体系中的分布状态。此研究对于生物医学，细胞毒性研究都有重要意义。

目的：利用分析超速离心(AUC)进行二嵌段共聚物聚集性与流体动力学研究

仪器型号：XL-I，An-60Ti，12mm铝制中心件，2孔树脂中心件

A：在20°C的四氢呋喃溶液中PS-b-PEG，PMMA-b-PEG, PE-b-PEG的沉降系数分布图

B：在20°C的四氢呋喃溶液中PBd-b-PEO, PDMS-b-PEO, PCL-b-PEO的沉降系数分布图

实验条件：

1. 实验使用贝克曼 ProteomeLab XL-I 分析型超速离心机，沉降速率法，An-60Ti 4孔转头，12mm铝制中心件 (THF solutions), 2孔树脂中心件(H2O, D2O/H2O)

2. 转速设置范围为15,000–60,000 rpm, 取决于不同试剂的具体实验需求。在四氢呋喃溶液中使用最 大转速。

3. 样品与Buffer加样量为420，20°C平衡温度2h。

4. 使用干涉光学系统进行检测

5. 使用 SEDFIT 软件c(s)模式分析数据

REFERENCE

Elistratova, A.A.; Gubarev, A.S.; Lezov, A.A.; Vlasov, P.S.; Solomatina, A.I.; Liao, Y.-C.; Chou, P.-T.; Tunik, S.P.; Chelushkin, P.S.; Tsvetkov, N.V. Amphiphilic Diblock Copolymers Bearing Poly(Ethylene Glycol) Block: Hydrodynamic Properties in Organic Solvents and Water Micellar Dispersions, Effect of Hydrophobic Block Chemistry on Dispersion Stability and Cytotoxicity. Polymers 2022, 14, 4361. https:// doi.org/10.3390/polym14204361