液相色谱-超高分辨质谱助力重组AAV的序列覆盖度和 分子量分析

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重组腺病毒（rAAV）是一种广泛使用的基因治疗载体，目前共13种血清类型被鉴定。AAV衣壳由60个拷贝的三种蛋白亚基组成，分别是VP1（大约80 kDa）、VP2（大约70 kDa）和VP3（大约60 kDa）[1]。其中，VP2包含VP3的全部序列，VP1包含VP2的全部序列[2]。理论上VP1:VP2:VP3的质量比例为1:1:10。
由于三种亚基的序列相似但相对丰度相差较大，三种亚基在常规分离中容易共洗脱，导致VP1和VP2的信号无法正常解析。在实际检测的过程中，有些AAV样品中VP1的含量极少，与VP3的比例甚至低于1:1000，导致VP1信号难以检测。

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