广东省微生物研究所前身是中科院中南真菌研究室，始建于1964年5月，1972年改为现名，隶属广东省科学院，为事业单位。现有职工175人，专业技术人员138人，其中高级36人，中级57人，硕士35人，博士11人。固定资产4100万元，万元以上仪器有170台（套），中外文专业藏书13300多册，英文图书6200多册，期刊10500多册。承担国家食品安全“十五”重大科技专项、国家基金、国家863、国家科技型中小型技术创新基金项目、国家生物高新技术产业化示范工程项目、教育部产学研项目、粤港招标项目、广东省基金团队项目、省自然科学基金项目、省重大、重点科技攻关项目、广州市重大重点科技项目等；已取得科技创新成果133项；获国家及省部级成果奖励75项，其中获得国家级成果奖3项、省部级一等奖5项、广州市一等奖1项；申请国家专利100多项，授权发明专利35项，2006年我所发明专利申请数量在粤科研机构中排名第二，为全国特别是广东省的食品、医药、轻化工、环保和农业产业的一大批龙头和骨干企业提供了生物高新技术成果，极大地促进了生物高新技术产业的发展，取得了显著的经济效益和社会效益，获得了政府和社会的瞩目及广泛认可。设在本所的广东省菌种保藏与应用重点实验室在2000年、2003年和2006年连续三次被评为广东省优秀重点实验室。
目前，本所的科技业务工作主要有科技创新、公正性监督检测和成果转化及产业化三个方面，其中科技创新主要依托广东省菌种保藏与应用重点实验室和广东省微生物应用新技术公共实验室；公正性监督检测主要依托广东省微生物分析检测中心和广东省食用菌产品质量监督检验站；成果转化及产业化载体主要为食用菌研究发展中心（广东粤微食用菌技术有限公司）、微生物检测新技术研究发展中心（广东环凯微生物科技有限公司）、微生物工程研究发展中心（广东迪美生物技术有限公司）及环境微生物研究发展中心（广东省南方科技产品开发有限公司）等四个集科研、开发、生产及经营一体化的研究发展中心，以及广东天辰生物技术有限公司和广东碧德生物技术有限公司等两个科技型公司。重点领域为微生物的基因工程及应用研究、微生物的育种和发酵工程、环境微生物及污染物的治理、微生物检测与诊断及防治、微生物资源多样性研究与前期开发五个方面。目前所内已形成环境微生物学、资源微生物学、分析微生物学和霉腐微生物等四个优势学科，具有博士研究生和硕士研究生培养能力，现有11位一、二级岗位的学科带头人，承担了包括国家“863”、基金、攻关和省、市基金、攻关、高新技术以及科技援藏等一大批重大项目。所内建有华南地区最大的微生物菌种资源库和大型真菌标本馆，是我国南方具有热带及亚热带优势和特色的微生物资源中心。
经广东省机构编制委员会批准，依据粤机编办[1999]169号文，在广东省微生物研究所的基础上成立“广东省微生物分析检测中心”，并于1999年通过计量认证（CMA），具有独立法人地位和第三方实验室地位。2004年共43类172项检测项目通过中国实验室国家认可委员会（CNAL）认可，检测数据可获得国际互认，成为可为社会提供用于贸易出证、产品质量评价、成果鉴定的公证数据的合法检测机构，具有法律效力。检测中心在检测业务上接受广东省质量技术监督局领导，现有人员64名，其中高、中级职称人员近50%，用于检测的仪器设备近70台(套)，检测总面积约1000平方米，为分析检测工作提供了符合检测质量的环境。2005年被广东省科技厅批准作为联合组建的“广东省材料检测与评价科技创新平台”中的材料（制品）防霉抗菌及安全性检测与评价中心；2006年被广东省科技厅批准作为联合组建的“广东省食品安全检测与评价科技创新平台”中的食品微生物安全性检测与评价中心，并作为该平台建设的主要承担单位，为本所承担本项目积累了经验并打下了良好和坚实的基础。
检测中心按照ISO/IEC17025：2005建立了完善的管理体系，技术力量雄厚，检测设备齐全，保证检测工作高质量，做到科学性、公正性和准确性，服务周到、热情、优质。检测中心自成立以来，已赢得了全国各地广大客户的信赖，在华南地区乃至全国享有很高的知名度和影响力，省内外一些食品、医药、日用品、化工、生物、环保和农业等领域的大型企业长期委托本中心进行分析检测以及帮助他们解决生产过程中的质量监控问题。如达能益力、乐百氏、百事可乐、可口可乐、达能酸乳酪、必胜客、宝洁、广州统一企业、光明牛奶……等国内外知名品牌，长期与检测中心合作，委托检测中心开展检测业务。检测中心的专家还积极跟踪各行业的国际标准、并长期参加食品微生物学检验、卫生微生物检测培养基、抗菌材料等多个产业的国家标准和行业标准修订、起草和制定。检测中心现为中国抗菌材料及制品行业协会“抗菌标志产品”抗菌性能和中国针织工业协会抗菌针织品的抗菌性能指定推荐检验机构、中日两国“抗菌互认”指定推荐检验机构及广东省轻工协会—香精香料化妆品洗涤用品专业分会推荐的微生物检验机构。
同时，广东省微生物学会、广东省生物技术生产力促进中心、广东省食用菌行业协会挂靠广东省微生物研究所，对广东省生物技术产业及广东省微生物分析检测在协调、指导、监督检测等方面起到十分重要的作用。
