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应对疫情挑战 我们应该拿出什么样的病原检测

发布:梅里埃诊断产品(上海)有限公司
浏览次数:86

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       随着返程复工高峰的到来,中国与新型冠状病毒的战役也将到达攻坚阶段。一线奋战的医护人员,卫生健康工作者以及闷在家中的你我,都在努力与这次的新型冠状病毒奋战。自1月10日确定此次疫情的元凶为新型冠状病毒开始,从最初的3家提供相应检测试剂盒,到如今的接近百家公司可以提供相应检测。

       究竟是什么样的检测才能满足需求?究竟在新型冠状病毒肺炎这样一个爆发流行的背景下,病原学诊断应该怎么做,能够起到什么作用?

       随着美国第一个病例的康复出院,我们先撇开备受关注的Gilead公司瑞德西韦(remedsivir)不谈,来看一看美国的第一例患者是如何做病原学检测的。

       案例

       美国首例患者是一名35岁的男子,有流行病学史,曾在武汉探亲访友。

       1月15日

       中国武汉探亲后返回华盛顿州。

       1月19日

       咳嗽发热4天后,患者注意到美国CDC关于中国新型冠状病毒感染爆发的警示后,自行就诊于华盛顿州斯诺霍米什县( Snohomish County, Washington)的一家诊所。肺部听诊出现干啰音,胸片检查未见异常。

  • 临床医生首先进行了快速的甲型和乙型流感病毒分子检测(NAAT,Nucleic Acid Amplification Test),结果为阴性;

  • 紧接着将鼻咽拭子送检进行了更全面病毒的分子检测(NAAT),一次性检测流感病毒甲型和乙型、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、鼻病毒、腺病毒和四种常见的冠状病毒血清型(HKU1、NL63、229E和OC43),全阴性。因其有中国武汉地区暴露史,采集样本送至CDC进行2019-nCoV检测。患者至家中进行隔离。

       1月20日

       地区疾控检测并报告了2019-nCoV病毒RT-PCR阳性,患者入院治疗。

       1月21日

       再次采集粪便及呼吸道样本进行2019-nCoV检测。

       1月26日

       住院第7日晚,根据连续阴性的降钙素原结果和MRSA PCR阴性结果后,停用万古霉素。


病毒?不再是无关紧要!

       从该病例看出,美国的急诊科医生十分重视病毒的检测,进行了两次快速的分子检测。

       根据美国CDC估计,在这个流感季美国约有1900万人流感患者,造成18万人住院,大约1万人因此丧生。根据Syndromic Trends数据,呼吸道合胞病毒(RSV)和肠病毒的感染比例还要在甲乙流之上。中国数据参考国家疾控12月报告,1,199,771例感染流行性感冒,16人死亡。

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病毒怎样检测?分子检测

       分子检测方法对于病毒检测十分重要。在《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案》中将确诊患者标准定义为:“RT-PCR检测新型冠状病毒核酸阳性”或“病毒基因测序,与已知的新型冠状病毒高度同源”。即使是针对最常见的流感病毒,分子检测也已经成为了从2018年IDSA流感的指南到卫生健康委印发的《流行性感冒诊疗方案(2019年版)》的推荐。在2016版中国成人社区获得性肺炎诊断和治疗指南中,核酸检测结果在病毒的病原学确诊依据中排在第一位。由于RT-PCR检测的高敏感度和特异性,是呼吸道病毒感染快速诊断的首选方法。

       特别需要注意,大部分呼吸道病毒是RNA病毒,例如流感病毒、新型冠状病毒。取样的部位、取样的植绒拭子、样本的质量、核酸提取质量、检测试剂和操作都要求十分严格。具体细节在WHO指南和美国CDC的指导中都已经有详细描述。

检测要快速准确

       报道中的这例患者可以看到首先进行的就是快速(rapid)的流感病毒甲型和乙型检测,得到阴性结果。

       分子检测可以有多快?1小时。流感病毒的快速分子检测可以在15 - 45分钟内完成。即使是更多病原,类似于梅里埃(BioFire)的FilmArray RP2也可以在45分钟报告包含17种常见病毒在内的21种靶标,同时整体阳性符合率达到98.5%,阴性符合率达到99.7%。

       第一时间,快速了解该患者常规呼吸道病原阴性的时候,也就更能够引起临床医生的警示。在上海华山医院感染科团队最近发表的一篇文献中,提到对呼吸道感染病原体的快速诊断具有重要的临床和卫生经济学意义。特别是呼吸道病毒感染具有很强的传染性,一旦明确诊断,可以第一时间将感染患者尽快隔离,避免交叉传染。

检测更要简单

       有报道称新冠检测试剂日产量已达到77.3万人份,是疑似患者的40倍。那么到底是什么限制了患者的确诊速度?传统的分子检测大量地依托于具有分子资质的操作人员,人工操作步骤多,工作量大。由于新型冠状病毒的高传染,面对高传染性的样本严格操作要求,更加剧了人力的不足。

       国外的分子检测已经采用了“样本进结果出”的一体化分子检测,操作简单,患者初诊的检测就是在急诊室也可以完成。一体化分子检测都是利用微流控的技术,一次操作加入样本,全封闭操作,生物安全性高,对人员的操作技术要求不高。即使面对未知风险的患者标本也可以从容应对。

全面了解患者病原学情况

避免不恰当使用抗菌药物

       新的新冠肺炎诊疗指南中,将患者分为了轻型、普通型、重型和危重型。除了轻症患者隔离,一线医生更多的资源都放在了重症患者的救治。在第五版新冠肺炎诊疗方案中提到,抗菌药物治疗:避免盲目或不恰当使用抗菌药物,尤其是联合使用广谱抗菌药物。

       在1月29日Lancet发表的99例金银潭医院的病例中,可以看到大部分都进行了抗生素治疗(70/99),其中更多是同时使用了两种或以上抗生素的联合使用。但是在金银潭医院病例的报告中并没有看到详尽的细菌培养结果。十分可以理解面对高传染性标本时做病原学检测的难处,也可以理解临床医生在没有精准报告的时候也只能去使用抗生素武器轰炸?回头看美国的首例患者,也在住院第5日症状进展后使用了万古霉素和头孢吡肟,但是在第7天时根据MRSA的分子检测阴性结果停止了万古霉素的使用。

       我们可以看到快速的分子检测技术已经不仅仅是病毒检测, 而是拓展到了细菌,甚至耐药基因的检测。更全面地了解病原体感染情况,有助于临床对患者的抗生素使用进行精准调整。国际上已经有了很多先进的武器,从赛沛的MRSA检测到最新的FilmArray,一次性涵盖33种靶标的肺炎测试条。

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       Note:FilmArray肺炎测试条已获得FDA及CE认证,NMPA正在注册中

       抗生素过度滥用并不利于患者的治疗,已经有非常多的临床证据。北京中日友好医院的一项前瞻性随机对照研究结果显示,快速多病原体床旁PCR检测试剂的应用,使更多的下呼吸道感染患者减少了广谱抗生素使用时间和总住院时间。只有病原体检测更全面、更快速,才可以让临床医生对抗生素进行调整时有切实的依据。


在病毒的星球上,

我们是否准备好了和下一个站出来的病毒斗争?

       人类生存的地球上充满了各式各样的病毒,历史悠久。即使是冠状病毒也有很多种自然宿主,供其繁衍进化。这次和新型冠状病毒的战役,已经和2003年大大不同。二代测序快速找出了病原真凶、常规PCR技术也已经有了很大的技术进步。相信这次病毒的疫情在大家的努力下,患者的治愈率会节节攀升,新冠病毒数月后也定然会烟消云散。

       那么当下一种新型病毒来临的时候我们是否准备好了足够的武器?如果当下一个“不明原因肺炎”患者出现的时候,临床医生的手中是否有更快,更安全的工具,对病原体进行更精准防控,第一时间把病原体抓住,把病原体的影响降到最低。即使是对患病的患者,是否能够最大限度地进行精准治疗?

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REFERENCE

[1] Holshue, Michelle L., et al. “First Case of 2019 Novel Coronavirus in the United States.” New England Journal of Medicine, Jan. 2020. 

[2] 新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案(试行第五版)

[3] Syndromic Trends在线数据(https://syndromictrends.com/)

[4] ’Laboratory testing for 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) in suspected human cases‘  WHO.

[5] Clinical management of severe acute respiratory infection when novel coronavirus (nCoV) infection is suspected, WHO.

[6] Real-Time RT-PCR Panel for Detection 2019-Novel Coronavirus. 2020, US CDC.

[7] Qian, Yiyi, et al. “Rapid Detection of Respiratory Organisms with FilmArray Respiratory Panel and Its Impact on Clinical Decisions in Shanghai, China, 2016‐2018.” Influenza and Other Respiratory Viruses, Dec. 2019.

[8] Chen, Nanshan, et al. “Epidemiological and Clinical Characteristics of 99 Cases of 2019 Novel Coronavirus Pneumonia in Wuhan, China: A Descriptive Study.” The Lancet, Jan. 2020. 

[9] Duan, S., et al. “Evaluation of a Molecular Point-of-Care Testing for Viral and Atypical Pathogens on Intravenous Antibiotic Duration in Hospitalized Adultlls with Lower Respiratory Tract Infection: A Randomized Clinical Trial.” Clinical Microbiology and Infection, June 2019.


2020-02-14 11:30:54