原理简介
实验流程
结果分析
rRNA Ratio [28S / 18S]:18S/28S 核糖体亚基的比率,衡量提取的RNA完整性的指标,如果28S/18S为1.8~2.0表明所提取RNA完整性较好,基本无降解发生;
电泳图:原理同琼脂糖凝胶电泳。
在开启前应先检查仪器所处环境的湿度(可选择select all—star进行仪器的测试),若出现short circuit test失败,则证明仪器所处环境湿度过大,建议将仪器和电极干燥后再试,一般将湿度维持在45-55℃为宜。
加入染料-胶混合物于芯片孔时,注意不要产生气泡,若产生可通过枪头戳破、吸取或轻微震荡的方式去除。
不同的试剂盒base plate和clip位置是不一样的,制备芯片时应先检查kit与其所对应的base plate和clip,并按指示进行调整。
当放上Bioanalyzer分析选择assay时,RNA除了应选择相应的试剂盒外,还应特别注意选择正确的物种,例如真核,原核或植物。
每一个片段的大小进行精确测定和浓度定量,又能进行细胞荧光参数的流式分析。这种多功能性使Agilent 2100 生物分析仪成为分子生物学家和生物化学家们不可或缺的工具。Agilent 2100 生物分析仪于1999 年面世,是将微流控技术用于生物样品分析的商用仪器,截止2010年初,已有超过7000 台的安装数量以及超过10,000篇的文献引述。
两种配置可供选择:
Agilent 2100 生物分析仪,为电泳及流式细胞分析配备可拆卸的卡套
Agilent 2100 电泳生物分析仪,仅为电泳应用配备可拆卸的卡套
两种仪器配置都包括:
1. 芯片注胶平台
2. 芯片旋涡振荡器
3. Agilent 2100 专家软件,可进行仪器控制和数据分析(可扩展,以完全支持法规认证要求)
4. 仪器系统及应用的服务与支持
安捷伦Agilent 2100生物分析仪 的应用:
芯片流式细胞分析:可简捷地获取双色标记的细胞荧光数据
RNA 样品质量控制:使用RNA 完整值(RIN) 来确定RNA 的质量-RIN 值已经成为RNA 研究领域内质量评估的黄金标准,用于总RNA,mRNA 和小RNA 的数据分析
DNA 分子量确定和定量分析:对DNA 分子进行高分辨率的分离和定量
蛋白质分析:代替SDS-PAGE 电泳对蛋白质进行分析,快速可靠的分析蛋白质浓度和纯度,灵敏度可与银染相媲美
主要试剂盒:
细胞分析试剂盒:细胞分析试剂盒,细胞Checkout试剂盒
RNA分析试剂盒:RNA纳克级试剂盒,RNA皮克级试剂盒,小RNA试剂盒
DNA分析试剂盒: DNA 1000 试剂盒,DNA 7500试剂盒,DNA 12000试剂盒,高灵敏度DNA试剂盒
安捷伦Agilent 2100生物分析仪 成功的基于微流控的商业化平台,提供用于DNA、RNA、蛋白质和细胞分析的解决方案,30 分钟内即可给出结果,提供自动化的、高品质的数字化数据。
特点:
# 比凝胶电泳更快速(30分钟内给出多达 12 个样品的定性定量数字化数据)。
# 重现性好、完整的数字化数据。
# 便于使用和共享。
# 对每个样品中的每个独立片断进行定量,给出纯度结果。
# 法规遵循服务满足在规定环境下工作的要求(如:QA/QC实验室)
从各种组织、细胞中提取DNA或RNA,同时做Agilent 2100电泳。
如RNA的电泳图:
RNA电泳,判断RNA的降解程度,应用于基因芯片、高通量转录组测序、普通RT后的定量分析。
检测灵敏度,定量:25ng/ul; 定性:5ng/ul
DNA电泳,可以准确判断杂峰等现象,同时对弥散的DNA条带进行范围鉴定,可以对低至0.1ng的DNA进行电泳判断,应用于高通量测序前的样品、文库QC。
应用举例:
1. RNA QC 分析
RNA 样品的完整性在 微阵列基因表达分析技术 中是至关重要的。RNA 样品也用于构建 cDNA 库、RT-PCR 、体外翻译、核糖核酸酶(RNase) 保护检测、Northern blotting等其它应用。当样品的 RNA含量非常低时,就会面临一种特殊挑战,例如通过 显微解剖 分离出来的RNA 或者来自低丰度的诸如果蝇的 RNA。因为核糖核酸酶(RNase)是普遍存在的,所以您必须检测总 RNA 或者信使 RNA 样品的质量。芯片实验室技术可以使您更加轻松和快速地分析您的样品。只需要加入RNA 样品,启动芯片运行,然后观察实时数据显示即可。仅需要5 ng总 RNA (RNA 6000 Nano 芯片实验室试剂盒)或者200 pg总RNA(RNA 6000 Pico 芯片实验室试剂盒),系统就可以自动计算出总 RNA 样品中核糖体条带的比例,或显示信使 RNA 样品中核糖体杂质的百分含量。更重要的是,您将获得很好的浓度估计,并且可以在许多情况下(RNA Nano 芯片实验室试剂盒)不必使用 UV 测量。利用一项标记校准功能,可以获得 高度再现性数据。因为数据是数字化的,您可以将它存储到一个数据库中或者与同一个实验室或世界各地的同事共享数据。
2.基因表达定量分析
DNA 1000 芯片实验室试剂盒与特定的(RT)-PCR 试剂盒配合使用,可用于 癌症诊断学 和 癌症研究 以及其它应用领域中的指定基因的定量分析 。通过合理的设计,这些检测可以在一个很宽的动态范围内提供定量的和精确的结果。与其它的技术相比(如实时 RT-PCR),利用多重PCR方法可在每个反应中分析更多的基因,并且具有准确、方便以及其它很多 优于凝胶电泳的优势。 请参考一个 19-plex 多重 PCR 应用实例。我们的合作伙伴 QIAGEN 和 Maxim Biotech 提供专门为 多重 PCR 应用 设计的产品。
3.比较基因组杂交的DNA质量控制
比较基因组杂交(CGH)可以同时检测基因组中多个位点的基因拷贝变化,从而为肿瘤研究、发育异常或开发诊断和治疗靶点提供了一个重要的研究手段。充分利 用该项技术进行人类疾病研究需要在基因组杂交之前对DNA实行质量控制。安捷伦2100芯片生物分析系统在比较基因组杂
4. 芯片流式细胞术 — 轻松获取基于细胞的荧光检测参数
安捷伦 2100 芯片生物分析仪的细胞荧光检测芯片实验室试剂盒以及细胞检测扩展为所有从事细胞研究的科学家提供了简单的流式细胞术检测,安捷伦 2100 芯片生物分析仪成为业内运行 RNA、DNA、蛋白质和细胞分析的平台。在安捷伦 2101 芯片生物分析仪所具有的电动力液体流动和电泳分离功能的基础上,细胞检测扩展增加了压力驱动的微流控流动性能。新增的性能将 2100 芯片生物分析仪的芯片实验室应用系统从电泳分离检测扩展到自动的双色流式细胞术检测。这样很宽范围内的细胞参数和多种细胞样品都能得到测量,具有荧光显微镜操作的方便性,流式细胞器的信息质量还能满足您的期望值。简言之,6 个容量均为 10μl 的样品,每个样品带有 20,000 个预先染色的细胞,被装载到一个芯片上,每个样品分别含有 750 个细胞位于两个通道内,25 分钟之内即可测得荧光强度。
5. 分析蛋白质样品的更好途径
您是否从事表达重组蛋白质、纯化蛋白质,稳定性研究或者抗体研究?利用和Caliper Life Sciences, Inc共同开发的实验室芯片技术,增强型蛋白质 200 和增强型蛋白质 50 芯片实验室试剂盒为各类样品的分析提供了一种轻松快捷的途径。与安捷伦 2100 芯片生物分析仪配合使用,每个芯片能够提供10种不同蛋白质样品的大小、纯度以及浓度信息。只需要简单地加入蛋白质样品,启动芯片运行,然后观察实时数据 显示即可。不到30分钟就可以完成检测。不需要传统 SDS-PAGE技术所需的凝胶和缓冲液、冗长的染色或者成像步骤。蛋白质实验室芯片试剂盒以其小巧的包装提供实验所需的所有试剂。因为数据是数字化的, 所以您可以将它存储到一个数据库中或者与不同实验室和世界各地的同事共享。
安捷伦Agilent 2100生物分析仪 特点:
* 快速获得结果,30 分钟内完成 10 个样品的自动化分析
* 不需要手动染色和脱色步骤,所有的程序集中到一个步骤中实现
* 检测精确度提高,预包装的试剂和标准化检测方法可产生高度可再现结果
* 可分析多种蛋白质样品,细胞消化液、柱层析组分、抗体和纯化的蛋白质
* 样品消耗量最低,每个分析仅需要4 μl 蛋白质样品
* 样品对照快速容易,只需单击重叠分析,具有图象缩放功能
* 数字数据易于归档和存储,与他人共享数据,输出数据用于发表或者进行陈述
* 在一个检测中可以定性和定量分析,可以进行绝对和相对定量(半定量)
* 多种数据显示选项,结果可以类似凝胶的影像、电泳图谱以及表格格式显示
* 数字操作,可对实验进行精细的分析
Agilent 2100 生物分析仪于1999 年面世,是将微流控技术用于生物样品分析最 早的商用仪器。现已广泛取代了繁琐的凝胶电泳技术成为RNA样品质量控制(QC) 的行业标准,同时在DNA 片段分析和蛋白样品SDS-PAGE分析方面也正在迅速取代凝胶电泳技术,成为分子生物学家和生物化学家们不可或缺的工具之一。下面,我们将从几部分带大家进入Agilent 2100 Bioanalyzer的小世界。
Agilent 2100 生物分析仪的独特优点在于它既可用于电泳分离,又能进行细胞荧光参数的流式分析,既提高了数据精确度和重复性,缩短分析时间,最大限度地降低样品消耗,又提高复杂工作流程的自动化和完整性,其工作原理如图1所示,包括①样品自样品孔处沿微通道移动;②样品被注入分离通道;③样品组分通过电泳被分离;④各组分通过其荧光被检测并转化成凝胶样图像(条带)和电泳色谱图(峰)。利用已知片段大小的Ladder,生成迁移时间与片段大小的标准曲线,即可通过不同迁移时间来确定样品的片段大小。通过样品峰面积对已知浓度的Marker或Ladder面积的比值来对样品进行定量。
图1: 2100生物分析仪芯片及其工作原理
2100生物分析仪将传统的凝胶电泳原理运用到芯片上,在很大程度上减少了样品分离所用的时间、样品用量及试剂损耗,实验操作也以“简易”一词为主,以RNA Nano6000 chip为例,如图2所示,按Agilent 2100芯片操作SOP依次将胶-染料混合液、marker、Ladder、样品等加入对应的芯片孔内,随即放入 2100 Bioanalyzer进行分析。
图2 RNA芯片上样简图
附 核酸分析芯片基础信息一览表
DNA Assays chip | 芯片类别 | 定性范围 | 大小范围 | 可上样数 | 检测时间 |
DNA 1000 Assay | 0.1-50ng/ul | 25-1000bp | 12 | 35min | |
DNA 7500 Assay | 0.1-50ng/ul | 100-7500bp | 12 | 30min | |
DNA 12000 Assay | 0.1-50ng/ul | 100-12000bp | 12 | 30min | |
High Sensitivity DNA chip | 5-500pg/ul | 50-7000bp | 11 | 45min |
RNA Assays chip | 芯片类别 | 定量范围 | 定性范围 | 可上样数 | 检测时间 |
RNA 6000 Nano Total RNA Assay | 25-500ng/ul | 5-500ng/ul | 12 | 30min | |
RNA 6000 Nano mRNA Assay | 25-250ng/ul | 25-250ng/ul | 12 | 30min | |
RNA 6000 Pico Total RNA Assay | / | 50-5000pg/ul | 11 | 30min | |
RNA 6000 Pico mRNA Assay | / | 250-5000pg/ul | 11 | 30min | |
Small RNA chip | 50-2000pg/ul | 50-2000pg/ul | 11 | 30min |
安捷伦2100生物分析仪的另一大优势是通过芯片实验室微流控技术平台可对RNA的完整性、纯度或降解程度进行精确的、数字化的评估。以细胞样本的Total RNA为例,从2100 Bioanalyzer分析完的的实验结果(如图3)所示,我们可以清晰明了地得到以下数据信息:
图3 细胞样本的Total RNA的质检结果
1. RNA Concentration: 能够较为精确的判断Total RNA 样本的浓度;
2. RNA Integrity Number (RIN): 评估RNA完整性的工具,RNA质量控制的标准,直观地判断出RNA样本的降解程度。RIN值范围为1~10,不同数值代表着样品RNA的不同降解程度,通常,RIN值越高,表明RNA质量越好,则二代测序的数据质量也越高;
RIN值>7,:高质量RNA;
RIN值6-7:部分RNA降解,勉强可用;
RIN值<6:质量较差RNA。
图4:不同RIN值的RNA样品(真核生物)
28S / 18S比值>1.5:高质量RNA;
28S / 18S比值1.3-1.5:部分RNA降解,勉强可用;
28S / 18S比值<:质量较差RNA。
为保证2100 Bioanalyzer数据的质量,现分享几个实验小技巧助力各位生物工作者更顺利地开展实验:
* 不需要手动染色和脱色步骤,所有的程序集中到一个步骤中实现
* 检测精确度提高,预包装的试剂和标准化检测方法可产生高度可再现结果
* 可分析多种蛋白质样品,细胞消化液、柱层析组分、抗体和纯化的蛋白质
* 样品消耗量最低,每个分析仅需要4 μl 蛋白质样品
* 样品对照快速容易,只需单击重叠分析,具有图象缩放功能
* 数字数据易于归档和存储,与他人共享数据,输出数据用于发表或者进行陈述
* 在一个检测中可以定性和定量分析,可以进行绝对和相对定量(半定量)
* 多种数据显示选项,结果可以类似凝胶的影像、电泳图谱以及表格格式显示
* 数字操作,可对实验进行精细的分析
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