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- 【导读】给各位小伙伴脑补一下非特异性扩增,即进行PCR所扩增出来的条带不是所要的,引物与模板在非目的条带处有错配,导致延伸产物不是目的条带。例如引物二聚体,即引物在退火过程中产生了hair...
给各位小伙伴脑补一下非特异性扩增,即进行PCR所扩增出来的条带不是所要的,引物与模板在非目的条带处有错配,导致延伸产物不是目的条带。例如引物二聚体,即引物在退火过程中产生了hairpin结构或其他二级结构,或者引物在模板的某些位置非特异性地结合,也同样会产生非特异性扩增。
我们都知道,PCR产物都是通过引物延伸产生的。当引物产生了二聚体或者非特异性扩增产物之后,引物本身就无法再延伸形成PCR产物了,这样的情况下,非特异性扩增产物越是多,那目的产物就越是少。如果在qPCR过程中,就会在熔解曲线中形成双峰。
小伙伴们遇到这样的问题,首先想到的可能是加入DMSO来阻止引物二聚体形成,或者EDTA来调节体系的离子浓度。但是具体问题具体分析,我们不能病急乱投医,这里老谈给小伙伴们整理了解决方法,希望可以帮助大家快速、准确的搞定这个“小问题”。
1、引物设计的过程中要用Primerpremier5.0来验证一下二聚体;
2、引物合成后,先做一次梯度PCR,检测Z合适的退火温度,一般高退火温度可以提高引物对模板的特异性从而降低引物二聚体;
3、降低Mg2+浓度,镁离子浓度高,会导致大量的非特异性扩增,但是没有镁离子的话,也会导致Taq酶的失活;
4、降低dNTP浓度,dNTP也是非特异性扩增的一个罪魁祸首,降低它的浓度,也能有效降低二聚体及其他非特异性扩增;
5、降低引物浓度,一般的PCR引物都是过量的,降低了引物浓度自然也能降低引物之间形成二级结构的可能性;
6、提高退火温度,这个道理很简单,引物的退火温度提高,引物间的二级结构形成可能性就会降低;
7、延长退火时间,这个也可以减弱引物间结合的可能性;
8、DMSO及甜菜碱,这些PCR促进剂,主要是用于CG含量高的模板上,降低DNA的二级结构的产生,但根据经验,加入DMSO之后需要同时提高一点退火温度来补平(qPCR不太适用);
9、热启动法,通过95℃的高温热启动,高温解链,使得引物间的二级结构破坏,以此降低二聚体产生。
SW48
SW480
SW579
SW620
SW626
SW837
SW872
SW1116
SW1222
SW1463
SW1990
SZ95
TCELL
THESCS
T2
T3A
T24
T-47D
T84
T98G
TALL-104
TC-1
TCA8113
TCAM-2
TCCSUP
TCMK-1
TE354.T
TE-1
TE-3
TE-6
TE-10
TE-22
TE-13
TE671
TEV-1
TF-1
TFK-1
TH-1
TH17
THC8307
THLE-2
THLE-3
THP-1
THP-2
TJ905
TK-1
TM3
TM4
TMD8
TOV-21G
TOV-112D
TPC-1
TR146
TREG
TT
TT2609-C02
TU212
TU686
TUL-1
U-2OS
U14
U27
U87
U-87MG
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- 2004-10-28 09:23:03
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