农业部环境保护科研监测所于1979年经国务院和农业部批准正式建立，直属农业部领导，1997年划归中国农业科学院，2002被科技部、财政部、中编办批准为非营利性科研机构。 农业部环境保护科研监测所在重金属污染综合防控、农业废弃物资源化高效安全利用、农产品产地环境质量研究、农业环境监测与预警，转基因生物环境安全及生态农业技术研究、养殖业污染综合防控等方面开展工作。