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新疆畜牧科学院成立于1982年10月，是由原新疆农科院畜牧兽医研究所和自治区畜牧厅草原研究所为基础于组建而成。现有畜牧、兽医(临床兽医研究中心)、草业、饲料、生物技术、畜牧业经济与科技信息(畜牧科技宣传教育中心)、畜牧业质量标准7个研究所，省部级科研平台15个(农业部草食家畜遗传育种与繁殖重点实验室、新疆动物生物技术重点实验室、新疆绒毛用羊遗传育种与繁殖重点实验室、新疆畜产品质量风险评估重点实验室、博士后工作站等)，形成草食家畜遗传育种与种质创新、畜牧生物技术、动物疫病与畜源人畜共患病、干旱区草地资源与生态农业、畜牧业现代生产与管理、畜牧业标准化、反刍动物营养与饲料、畜产品加工8个院级重点学科，科研特色鲜明，技术优势突出。