籼稻基因组测序可以用日本晴做参考吗

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  敏姐是个好人0 2016-10-18 00:00:00

  对一个物种而言，完整的高质量的基因组序列是其广义研究中不可估量的宝贵资源，并且是基因组学、基因功能、分子和进化研究的坚实基础，基因组参考序列的质量在一定程度上也体现了该物种的研究进展和水平。水稻是重要的粮食作物，在遗传学、分子生物学及基因组学研究中具有重要地位，同时也是diyi个全基因组测序的禾谷类作物。粳稻品种日本晴和籼稻品种93-11分别通过克隆连接克隆法(clone-by-clone)和全基因组鸟枪法(WGS)进行了全基因组测序，其中日本晴参考序列被公认为现有作物基因组序列中质量Z高的，但其中仍然存在着组装错误和空缺问题。将93-11和中花11物理图谱中BAC末端序列与日本晴参考序列(IRGSP build5)分别进行比对的结果发现，284和257个位置分别存在2个或2个以上反向匹配末端。由此推测这些位置中可能存在日本晴序列中的倒置组装错误。为了排除不同品种基因组差异的影响，我们将日本晴物理图谱中的BAC末端序列与日本晴参考序列进行比对。结果显示，371条BESs呈两个或两个以上的组合反向匹配到日本晴基因组序列上的123个位置。这些位置被我们视为潜在的倒置组装错误。

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