功能基因组学的后基因组学

文章转自：Edinburgh CRF Genetics Core

数字PCR（dPCR）是一种终点PCR方法，为核酸的定量和稀有等位基因检测提供了一种替代传统实时qPCR的方法。该方法在反应成分（引物和标记探针检测序列特异性靶标）和随后的扩增方面与qPCR相似，但在测量样本靶点的方式上有所不同。

在dPCR中，核酸样品混合物被分为许多单独的PCR反应（液滴或孔，见上图）。然后进行单个反应的扩增，每个孔或微滴对于目标分子将为正（1）或负（0）。确定阳性反应与阴性反应的数目，并对生成样品中目标分子数目的计数。

dPCR是一种特别有用的方法，可用于检测癌症和疾病中的稀有等位基因，准确检测小型CNV以及稀有mRNA和miRNA的基因表达分析。它也可以用于NGS文库定量以及病原体检测和微生物组分析。dPCRZ近还被多家公司广泛用于检测COVID-19。艾普拜生物（ApexBio）还开发了一种与Naica™全自动微滴芯片数字PCR系统兼容的3色荧光通道数字PCR试剂盒，该试剂盒可检测SARS-CoV-2正链RNA基因组的两个不同区域，并同时使用检测人类看家基因的内部参考来监控PCR的有效性。

在遗传学核心中，我们Z近从Stilla Technologies公司获得了Naica™全自动微滴芯片数字PCR系统，该系统是一个高灵敏度的数字PCR平台。

在Naica™全自动微滴芯片数字PCR系统中，数字PCR已集成到单个耗材sapphire芯片中。每个端口中的样本（每个芯片4个样本）被划分为一个2D阵列。使用Naica Geode通过限制梯度，可生成出30,000个大小均一的微滴。我们有2台这样的仪器，因此可以一次运行多达24个样品。微滴生成后，立即在芯片上对每个微滴进行热循环。Z后，使用Prism3仪器和Crystal Reader软件使用三个不同的荧光通道扫描芯片。这允许对每个样本的三个不同靶标进行多路复用。Z后，Crystal Miner软件自动测量每个通道中目标核酸的浓度，数据完全可视化。

罗氏和加尔文YL研究所近日宣布合作开发基于DNA测序针对表观基因组学分析的新技术。基因组学是一个迅速发展的领域，ZD关注的是病人的诊断和ZL中DNA序列信息的潜在用途。近期，表观遗传学(非DNA序列或者遗传密码改变，而是DNA的二次化学修饰和染色体结构蛋白的基因表达引起表观遗传的改变)被认为在生物进程的宿主中起着重要的作用。表观遗传学在癌症中作用的研究也越来越多。由于染色体上负责影响基因表达的表观基因组事件大量存在，更多精确分析这些变化的先进手段正在出现。

在为期两年的探索协议条款中，加尔文研究所和罗氏将合作开发精确分析表观基因组区域的新方法。这次合作汇集了加尔文研究所中世界lingxian的基因组学的专业知识和基础设施，以及来自罗氏测序部门的Roche NimbleGen进行靶向富集的产品。在协议中，罗氏NimbleGen SeqCap Epi产品将被加尔文研究所的科学家进一步用于表观遗传学在人类疾病中作用的研究中。

加尔文研究所常务理事John Mattick教授说，这是一个lingxian公司和研究机构之间合作开发基因分析技术的案例，这将促进更多人类生物学和疾病方面的研究并且促进交流机会。

罗氏测序部门的研究部主管Tom Albert说，除了Z近对测序技术平台的投资，我们的研究团队正在推进当下和未来技术中的测序应用。这次与加尔文研究所的合作展示了SeqCap靶向序列捕获产品附加的测序应用于表观遗传学研究的潜力。这将促使我们向诊所提供更多差异化的临床测序应用。

更多关于Roche NimbleGen的信息，请访问www.nimblegen.com

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