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ChIP实验高效化,非接触超声打断仪来助力!

来源:酶离者生物科技(上海)有限公司 更新时间:2025-12-11 14:02:18 阅读量:56
导读:ChIP实验原理:是在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物,并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,通过对目的片段的纯化与检

ChIP实验原理:是在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物,并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,通过对目的片段的纯化与检测,从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。

1.细胞交联 Crosslinking

目的:通过甲醛交联将蛋白质与DNA结合固定,形成稳定的复合物。

步骤:向细胞培养基中加入甲醛(通常浓度为1%),孵育10-15分钟。加入甘氨酸终止交联反应。收集细胞,用预冷的PBS洗涤

2.细胞裂解 Cell Lysis

目的:裂解细胞,释放染色质

步骤:使用含有蛋白酶抑制剂的裂解缓冲液裂解细胞。

离心收集细胞核。

3.染色质打断 Chromatin Shearing

目的:将染色质打断成200-1000 bp的片段,便于后续免疫沉淀。

步骤:(注意打断后需通过琼脂糖凝胶电泳或生物分析仪检测片段大小。)

超声打断:使用超声仪将染色质打断。

酶解法:使用微球菌核酸酶(MNase)消化染色质。

4.免疫沉淀 Immunoprecipitation, IP

目的:利用特异性抗体捕获目标蛋白-DNA复合物。

步骤:将染色质片段与目标蛋白的特异性抗体孵育(通常过夜)。加入Protein A/G磁珠或琼脂糖珠,捕获抗体-蛋白-DNA复合物。洗涤磁珠,去除非特异性结合。

5.解交联 Reverse Crosslinking

目的:释放DNA,便于后续分析。

步骤:加入含有蛋白酶K的解交联缓冲液,65℃孵育数小时或过夜。加热使蛋白质变性,释放DNA。

6.DNA纯化 DNA Purification

目的:纯化DNA,去除蛋白质和RNA。

步骤:使用酚-氯仿抽提或商业化的DNA纯化试剂盒。通过乙醇沉淀或离心柱法回收DNA。

7.DNA分析 DNA Analysis

目的:检测目标DNA片段。

方法:qPCR:定量检测目标DNA片段的富集程度。

测序(ChIP-seq):高通量测序分析全基因组范围内的蛋白质结合位点。

ChIP实验的关键点:

抗体特异性:抗体的质量直接影响实验结果,需选择经过验证的高特异性抗体。

染色质打断:片段大小需控制在200-1000 bp,过大或过小都会影响免疫沉淀效率。

对照设置:包括Input对照、IgG对照等,确保实验结果的可靠性。

ChIP实验虽然步骤较多,但通过优化条件和选择合适的工具(如高效的DNA打断仪),可以显著提高实验效率和成功率。

传统超声打断法存在诸多痛点:

操作繁琐,耗时耗力:需要反复摸索超声条件,耗时长达数小时。

样本损失大,重复性差:超声过程中容易产生热量,导致样本降解,实验结果不稳定。

难以处理微量样本:传统方法对样本量要求高,难以满足微量样本的实验需求。

别担心!这款净信DNA打断仪,专为ChIP实验量身打造!

高效便捷,省时省力:采用独特的非接触超声波DNA打断技术,利用超声波的能量,通过非接触的方式对DNA样品进行打断,从而得到所需的DNA片段,效率提升数倍!

①温和打断,保护样本完整性: 精确控制能量输出,避免热效应,最大程度保护DNA完整性,确保实验结果准确可靠。

②微量样本,轻松应对:可处理微量样本,满足各种实验需求。

③这款DNA打断仪,不仅是ChIP实验的得力助手,还可应用于:下一代测序(NGS)文库制备、DNA片段化分析、DNA蛋白质相互作用研究。

标签:   上海净信 DNA打断仪   剪切仪

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