经典磁珠一文解读：NGS片段筛选比例计算

贝克曼库尔特基于SPRI固相可逆固定化技术的AMPure XP及SPRIselect两种NGS文库纯化(clean up)和片筛(Size selection)试剂家喻户晓。该技术采用顺磁磁珠选择性结合特定大小核酸片段，被20000+论文和200+测序建库试剂盒使用。

测序文库片段大小直接影响测序数据的有效性。建库流程中纯化vs片筛应该怎么选择试剂，磁珠比例怎么加，又是如何做到精 准、稳定、高重复性呢？且听小贝道来。

• Size Selection vs. Clean Up•

> Clean up：AMPure XP试剂盒能够从PCR产物中纯化100bp以上的核酸片段。

> Size Selection: SPRIselect试剂盒针对不同应用场景筛选不同大小范围的核酸片段。

尽管有大量试剂盒/论文采用AMPure XP完成文库片段大小的筛选实验，但SPRIselect是针对精 准片筛专门优化的试剂盒，具备高重复性和室温稳定性。

Size Selection左侧筛选

——保留大片段，移除小片段

SPRI技术磁珠优先结合更长片段。如需保留大片段，去除小片段，在SPRIselect试剂与样品溶液混合后，通过磁吸保留磁珠、弃去上清，即可去除小片段。所需保留的大片段将留在磁珠上，使用乙醇清洗后，洗脱即得。

SPRIselect的投入量越高，越有利于更小片段与磁珠的结合。实验中，可通过控制SPRIselect加入的量，以控制保留在磁珠上的片段大小。

计算公式 ：

样品体积 * 左侧筛选试剂比例= SPRIselect 加入体积

例如: 50 μL 样品 * 0.8x ratio = 40 μL SPRIselect ，此处0.8x是指待处理样品与SPRIselect的体积比。如果使用0.8x ratio处理50μL样品，需要向样品中加入SPRIselect 40μL，终体系为90μL。

Size Selection右侧筛选

——保留小片段，移除大片段

如需保留小片段，去除大片段，在SPRIselect试剂与样品溶液混合后，通过磁吸保留上清、弃去磁珠，即可去除大片段。上清中包含所需的小片段，可通过再次加入SPRIselect试剂（提高体系中SPRIselect终浓度）将其回收。实验中，可通过控制SPRIselect加入的量，以控制上清游离的片段大小。

计算公式 ：

第 一轮：样品体积 * 右侧筛选试剂比例 = SPRIselect 加入体积

第二轮：样品体积 * (1.8x – 右侧筛选试剂比例) = SPRIselect 加入体积

例如：

第 一轮（吸附大片段）：使用0.7x去除50μL核酸里>600bp的片段，需要加入0.7x SPRIselect，即向样品中加入50 μL * 0.7 = 35 μL SPRIselect，体系共85μL。

第二轮（吸附上清小片段）：向第 一轮筛选的上清中补加入50 μL * (1.8 – 0.7) = 55 μL SPRIselect

Size Selection双侧筛选

双筛实验与右侧筛选步骤类似，通过第 一轮加入SPRIselect吸附去除大片段，保留上清小片段。通过控制SPRIselect加入的量，来控制保留在磁珠上的片段大小；加入SPRIselect浓度越大，留在上清中的核酸片段越小。第二轮继续加入不同比例SPRIselect，两轮SPRIselect组分叠加、浓度上升，使得磁珠能结合比上一轮更小的片段，实现对左侧和右侧的双侧片段筛选。

计算公式 ：

第 一轮：样品体积 * 右侧筛选比例= SPRIselect 加入体积

第二轮：样品体积 * (左侧筛选比例 –右侧筛选比例) = SPRIselect 加入体积

例如：1.2X-0.7X双筛

第 一轮（吸附大片段）：使用0.7x去除50μL核酸里>600bp的片段，需要加入50 μL * 0.7 = 35 μL SPRIselect。

第二轮（吸附上清小片段）：向第 一轮筛选的上清中补加入50 μL * (1.2 – 0.7) = 25 μL SPRIselect

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