基因组测序为什么要构建不同插入片段长的文库

MIpepsi 2011-07-20 DNA测序仪/基因检测仪浏览 422 次

就好像要构建200bp，500bp，800bp，2kb，5kb，10kb，20kb这样，
听到一种说法是200bp，500bp，800bp，这样的是来得到reads的，2kb，5kb，10kb，20kb这样的是在contigs补洞成scaffold时应用的，是这样吗？
请具体阐述

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精彩问答

敏姐是个好人0 发布日期：2011-07-21

现在全基因组测序用鸟枪法，把所有DNA打碎成短片段，测出所有片段的序列再用超级计算机进行拼接。
你说的是老方法，先构建大的长片段文库，这些长片段互相重叠，能涵盖全部基因组，即所谓的骨架scaffold。然后在对文库里每一个克隆进行亚克隆，应该还进行亚亚克隆，得到可以直接测序的短片段克隆，即所谓的可以测序得到Reads的克隆。每个Reads的序列拼接起来，逐级拼接，Z后得出每一个长片段克隆的序列，Z后进行长片段克隆的拼接，得到每一条染色体的序列。
实际上老方法就是分级克隆，再拼接，鸟枪法就是直接得到短片段，不经过克隆，对短片段直接测序、拼接。人类基因组计划Z初使用老方法，后来一个公司使用了鸟枪法，Z后两种方法同时完成。

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George926798 发布日期：2011-07-23

补充一点：由于Shot Gun 法测序会出现在较多的重复测序结果，因此，小于100kbp的DNA片段测序工作使用Shot Gun 测序价格太昂贵，此时比较适合于使用限制酶切、亚克隆测序法。

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