EasyClus软件构建藻类数据库简易流程及基于CytoSense(FCM)数据的叶绿素浓度计算

您是否需要有关水中藻类（数量、类型、生物多样性）的信息，以及有关浊度和叶绿素等的信息？

您是否拥有大量细胞计数数据，是否需要自动化工具从数据中提取正确的信息？

您是否想在（在线）水分析后几秒钟内在互联网上展示水监测结果？

EasyClus是一款针对浮游植物流式细胞仪CytoSense/ CytoBuoy/ CytoSub的数据分析软件，能够处理复杂多变量时间序列的高频监测数据，结合软件深度学习训练模型，可提高预测的准确性和鲁棒性，用于构建藻类数据库。

叶绿素数据可以通过CytoSense流式细胞仪数据的每个文件或者样本的所有红色荧光信号的总和（Total FL Red）中收集（扫描信号的面积 = Total FL Red）。红色荧光来自自养细胞中的叶绿素，可以用来表述每个颗粒的生物量或叶绿素含量，也表示样品中所有颗粒的总量。

根据在浮游植物监测流式细胞术领域的多年经验，解决您的实际和科学问题，我们开发了专为流式细胞术数据设计的 EasyClus 软件，以自动、客观和非常快速地从粗略水平（生物量、数量、大小分布）到详细的物种水平分析数据文件，从而产生多个生物指标。“LIVE”模块可实现近乎实时的数据分析和结果报告到互联网。我们帮助您实施流式细胞术进行藻类检测，为您提供改进分析和/或获取更多信息的建议。

1.1导入文件并聚类

1.2 查看聚类结果

- 查看聚类结果时，结合聚类中的图像查看“显示图像……”

- 通过“添加到图像数据库”将感兴趣的聚类添加到数据库

1.3 如果想开始一个新的空数据库，请按“新建空数据库”

 - 选择感兴趣的聚类1。

 - 通过“>”按钮将聚类添加到中间的列表中2。

 - 按“确定并执行”将聚类添加到数据库3。

1.4 新建空数据库（可选）

1.5 重命名聚类

- 选择导入数据库，然后打开数据库编辑器1、2。

在下图数据库编辑器中：

- 点击“编辑打开”1。

- 点击所需重命名的聚类2。

- 重命名并按“Enter”3。

- 按“确定并退出”保存更改4。

提前建立 CytoSense 的红色荧光与标准叶绿素值之间的关系用于表述每个颗粒的生物量或叶绿素含量。这种校准关系与水样本身相关。用户必须在 EasyClusApps 中添加需要使用的公式，并定期校准检查。用户只选择规定的标准公式进行计算.

2.1 单个数据文件计算叶绿素

-选择文件

-通过点击‘S’检查是否设置了正确的校准公式

-选择叶绿素浓度单位 ug/ml 按钮

在 Matlab 命令窗口中出现屏幕:

uug_chloroph_pml saved as C:\Easyclusv122results\reports\EIJ2_SWS15_FLRed6_auto_uls_phyto_600s 2021-03-19 01h02_VAR_ug_chloroph_pml.txt

在 Excel 中，此结果如下所示：

2.2 一次处理多文件元数据

-选择文件

-( 通过点击‘S’检查是否使用了正确的转换公式）

-选择叶绿素浓度单位 ug/ml 按钮

-逐一加载处理所有文件

结果存储在 Easyclusvxxresults\reports\

2.3 多文件结合更多变量

-选择文件

-复选框打勾

-选择绿色的“RUN”按钮

2.4 合并为一个集合文件

所有单个文件都可以通过“Merge VAR”按钮合并到一个元数据文件中

-选择所有需要的 \reports\..VAR_ug_chloroph_pml.mat OF ..VAR_ug_chloroph_pml.txt 文件

-完成

屏幕将显示:

Saved as C:\Easyclusv122results\reports\VARmerge_220216_144808.txt
Excel 中的结果显示：

2.5  叶绿素背景数据

叶绿素μg/mL或μg/L的转换可以通过不同的方式确定：

总样本叶绿素/ml 关系（Whole sample chl）

1. 所有FL Red/ml值的总和（所有颗粒的Total FL Red 总和）。该FL Red/ml 的总和与叶绿素浓度μg/ml相关。此为校准曲线。

或转换为每个单个粒子的叶绿素 (Indiv.particles chl)

2. 每个颗粒的Total FL Red 表示每个颗粒的叶绿素微克量。所有每个颗粒的Total FL Red 根据与叶绿素μg绝对量的关系进行转换。然后将所有内容相加并除以分析体积。

每ml CytoSense Total FL Red 的叶绿素数据示例

已发现所用流式细胞仪的样品 FL Red/ml 总和与基于相同样品的参考技术（例如 HPLC、吸光度法）测量的叶绿素 μg/ml 之间存在关系

从这个关系可以得出以下公式：

叶绿素/mL = 1.80492E-05 *Total FL Red/mL总样品之和（P）- 0.85913

将这个公式添加到 EasyApps（由科研用户）。

注意：本文给出的公式是假的（示例），不要使用它!

1.按照确定的公式填写

2.在“Input parameter (p)”中输入流式细胞仪变量

3.插入一个测试值input value（P）

4.选择“Test formula”

5.检查结果

6.必要时以唯一名称保存

输入参数 (p) 和(q) 包含变量“Total FL Red HS_pml”

与使用加法“_pml”的“整个样本叶绿素”相比，“单个粒子叶绿素” 关系不使用这个'_pml'。

文件报告单位“ug_chloroph”和“i_pml”，其中i=individual

最终结果转换为叶绿μg/mL。  

如您需要了解更多信息，请识别下方二维码填写登记表，我们会为您提供专业的服务，真诚期待与您的合作！

电话：021-32555118

邮箱：sales@zealquest.com

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