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晶体日记(二):坚持就是胜利
发布:束蕴仪器(上海)有限公司浏览次数:11近期貌似一直在跟似包装打交道,各种各样的Packing。球和弧面,曲面和球,平面和平面。相比于蛋白分子的奇形怪状,化学分子总是用各种几何在搭建属于化学世界的美丽。
然而美丽归美丽,头大的数据一样还是头大。刚刚写过一个关于"完美-犯罪" 的孪晶,又接二连三的遇到。这次是个有意思的包装。类似的数据几个月前曾解析过,是个有意思的紊乱。本以为这是会是类似的情况,然而事实却证明自己想多了。晶体总是不按照套路出牌。
尝试1
但是所有的顺利都在结构解析的时候戛然而止。没有任何方法可以解决这种基于斜方晶的结构...
尝试2
尝试3
尝试4
尝试5 结构解析有时候就是耐心和坚持,坚持就是胜利!这个数据咋看起来是一个正交C的晶胞。从晶胞参数,到倒易空间甚至数据还原都看起来特别的正常。在各处都观察不到任何孪晶的迹象。
按照之前的经验加上直觉,我倾向于认为Orthrhombic C 可能是 Monoclinic C或者 Monoclinic P的赝缺面孪晶,而且看起来是另外一种“完美”。于是我们像往常一样降低了对称性,去解析结构。
然而我还是失算了。不管是哪一种单斜的晶系,都无法解析出合理的结构。
扎心的结果是不管是XS,XM,XT,没有一个方法给出了合理的结构模型...一团乱,没有一丝成功的迹象。
我一度怀疑我的直觉不灵了,走错了方向。当事情陷入僵局的时候,我想起了一位老师经典的一句话:当所有方法都不管用的时候,就不要假定有任何对称性。试试P1就行了。
幸运的是,P1 给出了让我开心的结果,虽然看起来很乱:
甚至我看到了氯仿。我欣喜的加入我的孪晶法则,TWIN -1 0 0 0 -1 0 -1 0 1,所有的参数在朝着期望的方向发展。
随即升空间群后,结果仍然是P21/c 赝缺面孪晶,仍然没有跳出传统的套路,只不过这条路没有那么直接,需要在一次次尝试后才能找到一点突破口。
2021-09-03相关仪器 -
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